2D Similarity Search

简介

2D Similarity Search模块是基于分子指纹进行二维相似度搜索的工具。根据不同指纹类型（Maccs Key、pharmacophore fingerprints、extended connectivity fingerprints）计算得到的指纹向量或者向量字符串进行相似性搜索，从分子数据库中筛选出与模板分子相似（不相似）的化合物。相似性评估方法采用的是常用的Tanimoto系数，用于比较两个化合物之间的相似性。它是基于化合物指纹或描述符的重叠程度计算得出的，数值范围从0到1，值越大表示两个化合物越相似。其主要功能如下所示：

1. 从提供的化合物数据库中，筛选出与查询分子二维相似、符合特定相似度阈值的的化合物结构。
2. 从提供的化合物数据库中，筛选出与查询分子二维不相似、符合特定距离阈值的的化合物结构。
3. 支持多个查询分子模式。
   支持的输入文件格式为：SD（.sdf, .sd）。支持的输出文件格式为：SD（.sdf，.sd）、CSV（.csv）。

参数说明

Template SDF File

小分子结构文件，SDF格式。

Template Smiles

小分子结构，SMILES格式，支持多个小分子，一行一个SMILES，例如：

CSC1=C(c2ccc(C)s2)/C(=N/C(C)(C)C)C1
CC1=C(C=C(C=C1)NC(=O)C2=CC=C(C=C2)CN3CCN(CC3)C)NC4=NC=CC(=N4)C5=CN=CC=C5

Public Library

选择用于相似性搜索的分子库，该模块提供17个公共分子数据库用于进行相似性搜索：

1. Alinda：~77万库存分子，源自中国香港的Alinda Chemical公司，致力于分子砌块和新颖筛选化合物的研发供应。
2. Analyticon：~4万库存分子，源自德国的天然产物品牌，专注天然产物提取及类似物合成工作，产品质量稳定。
3. Asinex：~57万库存分子，源自美国的品牌，多年来致力于类先导化合物及分子砌块的研发供应，价格较贵。
4. Bionet：~30万库存分子，源自英国的品牌，拥有多年的有机合成经验。
5. Chembridge：~137万库存分子，源自美国的化合物品牌，总部位于圣地亚哥，拥有多样性库、大环库等多种热门化合物库。
6. Chemdiv：~156万库存分子，全球最大的化合物品牌之一，拥有5000多种化合物骨架结构和100多种化合物库，性价比高。
7. Enamine：~407万库存分子，源自乌克兰的化合物品牌，具有较强的化合物研发能力，有高性价比化合物和高价值化合物两类产品。
8. Eximed：~6万库存分子，源自乌克兰的化合物品牌，近20年来致力于提供高通量筛选化合物及相关服务。
9. HTS：~6万库存分子，源自德国的HTS Biochemie Innovationen化合物品牌，致力于为制药、农业和生物技术公司开发独特的化合物。
10. IBS：~55万库存分子，源自俄罗斯的InterBioScreen化合物品牌，拥有多种天然产物及衍生物。
11. Life_Chemicals：~54万库存分子，源自加拿大的化合物品牌，拥有2900多种化合物骨架结构，化合物规格较齐全且有对应价格。
12. Maybridge：~5万库存分子，源自英国的化合物品牌，Thermofisher旗下，产品数量少而专，每种产品均具有较大库存。
13. Otava：~29万库存分子，源自加拿大的化合物品牌，专门从事特色化合物，生物化学药品和生物分析试剂的开发和生成。
14. Princeton：~153万库存分子，源自美国的化合物品牌，20多年来设计独特的小分子化合物用于药物开发。
15. Specs：~20万库存分子，源自荷兰的化合物品牌，价格优势明显。
16. UORSY：~68万库存分子，源自乌克兰的化合物品牌，产品主要用于高通量筛选和药物发现，价格与Enamine接近。
17. Vitas-m：~140万库存分子，源自美国的化合物品牌，在香港拥有发货中心，到货速度快，价格适中。

Public Library与Private Library选填其中一个。

Private Library

上传用于进行相似度搜索的个人分子数据库，格式为SDF。
Public Library与Private Library选填其中一个。

Fingerprint

分子指纹类型：maccskey、phar、ecfp

1. maccskey指纹是基于分子的结构和功能团片段生成的二进制指纹，可以用于进行药物相似性和虚拟筛选。
2. phar（Pharmacophore fingerprints）识别分子中的药效团特征指纹，如氢键供体、氢键受体、疏水中心等，适合药物设计。
3. ecfp（Extended Connectivity Fingerprints）是基于圆形子结构的分子指纹，适合相似性搜索和定量结构-活性关系（QSAR）建模。

Cutoff

当搜索模式为SimilaritySearch时，表示搜索相似度≥截断值的分子；当搜索模式为DissimilaritySearch时，表示搜索相似度≤截断值的分子。计算值取值范围是0~1。Cutoff默认为0.75。

Search Mode

指定搜索模式：SimilaritySearch是查找相似分子，DissimilaritySearch是查找不相似分子。

结果说明

输出结果包括：

其中hits_values.csv包括信息如下：

其余参数为所提供的分子数据库包含的描述。

参考文献

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