Molecular Docking (SMINA)
简介
Molecular Docking (SMINA)是基于SMINA的分子对接工具(背景介绍链接)。SMINA作为Autodock Vina（http://vina.scripps.edu/）的分支，其主要功能是预测分子之间的结合模式和相互作用，得到分子对接的能量和结合亲和力等信息。它还可以计算和比较多个分子之间的结合能力，用于药物分子的筛选、设计和优化。与Autodock Vina（version 1.1.2）相比，SMINA支持：
1.配体SDF分子格式进行计算；
2.多配体文件（SDF）进行对接；
3.超过20个对接POSE输出；
4.更易于定义受体柔性残基；
5.极大地改进了最小化算法（最小化趋于收敛）。
参数说明
Private Ligand Library (Comp＜2000)
Binding Mode
对接模式为刚性配体对接（rigid）或者柔性配体对接（flex），
刚性配体对接：配体自身保持刚性，经平移、旋转，在口袋内寻找合适的结合取向。
柔性配体对接：配体在固定某些非关键部位的键长、键角的前提下允许其构象发生一定程度的变化。
Receptor
受体结构文件，PDB格式
Private Ligand
配体结构文件，支持SDF、PDB、MOL格式。只会计算前2000的分子。
Box Center
对接口袋中心的三维坐标（XYZ），空格分割。例如：0 0 0。
Box Size
对接口袋长方体盒子的大小，必须是整数，空格分割，例如 24 22 32。
Number of Poses
每个分子保留的最大结合模式数量
TopN
虚拟筛选中保留打分排名前n个分子。
Keep Heterogens
保留非标准氨基酸，格式为[链名]:[残基名称]-[残基编号]，如A:UNL-311。不能包含特殊离子的小分子结构。
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 |
说明 |
| TopNScores.csv |
分子对接得到的打分csv文件。输出小分子最多为10,000。 |
| complex_001.pdb |
展示配体与受体的复合物构象文件。 |
| output_ligand_topn.sdf |
筛选后配体的SDF文件。根据指定的topN数生成，最多为10,000。 |
| output_complex_topn.tar.bz2 |
小分子与受体对接后的复合物构象PDB文件压缩包，最多生成前1000小分子的复合物结构。 |
参考文献
Koes DR, Baumgartner MP, Camacho CJ. Lessons learned in empirical scoring with smina from the CSAR 2011 benchmarking exercise. J Chem Inf Model. 2013 Aug 26;53(8):1893-904.
