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编号	630
名称	Cleavage Ptm
封面
描述	根据抗体 FASTA 序列或 PDB 结构，按化学断裂规则筛查肽键，并给出 0 到 5 分的核查优先级。
标签	Cleavage
作者	wemol
发布时间	2026-11-11 18:00:00
参考文献

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简介
参数说明
Input File
Output Format
pH
pH Range Start
pH Range End
pH Step
Temperature
Risk
Pattern
Chain
Rules
结果说明
参考文献

Cleavage PTM

简介

Cleavage PTM 用于筛查抗体序列或结构中可能发生非酶促肽键断裂的位点，并根据设定的 pH 给出核查优先级。筛查依据来自文献规则。实际断裂情况需通过质谱、电泳等实验验证。

模块内置 72 条筛查规则，规则版本为 8.54。规则主要根据肽键两侧的氨基酸判断，也可限定局部序列、链、区域和相邻残基。模块尝试识别 VH、VL、CH1、CH2、CH3、CL、铰链区及互补决定区（CDR）。恒定区和铰链区采用人源 IgG 模板进行保守匹配，VH、VL 和 CDR 由 AntPack 0.3.7 按 IMGT 编号体系识别。

分数	风险标签	含义
0–1	`low`	低优先级。0 分同样属于低优先级，仍有发生断裂的可能。
2–3	`medium`	中优先级。
4–5	`high`	高优先级。
无分数	`unassessed`	规则仅用于标记候选，或区域、相邻残基等前提无法确认。

分数仅用于安排核查顺序。断裂概率和速率需要另行评估。每条结果记录对应一个肽键和一条规则，同一肽键可因命中多条规则而出现多次。

参数说明

Input File

上传一个抗体序列或结构文件。支持 FASTA（.fasta、.fa、.faa）和 PDB（.pdb、.ent）。FASTA 可包含多条序列，默认分析文件中的前 100 条。每条序列的 ID 为 > 后的第一个字段，须唯一。PDB 读取第一个模型。

以下 FASTA 示例中的序列 ID 分别为 Heavy 和 Light。

>Heavy demonstration heavy chain
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAAS
>Light demonstration light chain
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITC

Output Format

选择 HTML、CSV 或 JSON。默认生成 HTML，每次运行生成所选格式的报告。

pH

指定单个 pH，接受 0–14 之间的有限数值，包含两端。填写后，平台按该值分析，并忽略 pH 范围和步长。留空时使用下方的范围设置。

pH Range Start

范围模式的起点，取值为 0–14，且须小于或等于终点。默认值为 3。

pH Range End

范围模式的终点，取值为 0–14，且须大于或等于起点。默认值为 9。

pH Step

范围模式下相邻 pH 点之间的间隔，须为有限正数，默认值为 1。从起点按步长取值，最多分析 141 个 pH 点。只有步长恰好到达终点时，终点才会纳入分析。

Temperature

分析温度，单位为摄氏度（°C），默认值为 25。填写的数值须有限且不低于 −273.15 °C。内置规则将温度记录在报告中，自定义规则可将温度作为评分条件。

Risk

按风险标签筛选结果。可选 low、medium、high 和 unassessed，多个值用空格分隔。留空时保留所有风险等级。范围模式按该结果在全部 pH 点中的最高分所对应的风险等级筛选。

Pattern

按规则 ID 筛选结果。多个 ID 用空格分隔，且均须存在于本次使用的规则集中。留空时保留所有规则的命中结果。

Chain

按 FASTA 序列 ID 或 PDB 链 ID 筛选结果。多个 ID 用逗号分隔，例如 H,L。PDB 中的空链名用 _ 表示。留空时保留所有链的结果。

Rules

上传 CSV 或 JSON 格式的自定义规则文件。
如需自定义规则，请下载模块文件中的html编辑器，修改现有规则或新增规则。点击「保存到页面」，再点击「导出 CSV」或「导出 JSON」，并将导出的文件上传到 Rules 。

结果说明

输出文件	说明
`report.html`	可在浏览器中查看的单文件报告，包含统计、分析条件、候选位点及规则文献，支持筛选和排序。
`report.csv`	每条证据占一行，适合使用表格软件查看或导入下游流程。
`report.json`	包含分析条件、规则集、区域识别详情和筛选后保留的证据行，适合程序读取。

report.csv字段说明如下：

列名	说明
`chain`	FASTA 序列 ID 或 PDB 链 ID。PDB 空链名写为 `_`。
`segment`	从 0 开始的连续片段编号。FASTA 为 0。PDB 遇到 `TER` 或不受支持的残基记录时递增，跨片段的残基不会组成肽键。
`bond_id`	肽键标识，由链、片段、左侧残基编号和右侧残基编号组成，保存为 JSON 数组形式的字符串。
`left_position`、`right_position`	肽键左、右侧的残基编号。FASTA 从 1 开始编号，PDB 沿用原编号并保留插入码。
`left_residue`、`right_residue`	肽键左、右侧残基的氨基酸单字母代码。
`previous_residue`、`next_residue`	左侧残基之前、右侧残基之后的相邻残基。没有可用的相邻残基时留空。
`pattern`	命中的规则 ID。
`context`	规则要求的局部序列，其中竖线标记肽键位置。规则未限定局部序列时留空。
`prerequisite_status`	`matched` 表示前提满足，`unknown` 表示前提无法确认。报告只保留这两类结果。
`prerequisite_detail`	前提判断的说明。
`regions_left`、`regions_right`	左、右侧残基的区域标签。多个标签用竖线分隔，未识别时留空。
`region_hash`	区域识别方法及识别结果的 SHA-256。
`assessment`	规则的评估模式。`scored` 表示规则可评分，前提无法确认时仍可能无分数。`candidate` 表示规则仅标记候选。
`score`	0–5 的整数优先级分数，未评估时留空。范围模式取全部 pH 点中的最高分。
`risk`	`low`、`medium`、`high` 或 `unassessed`，与 `score` 对应。
`score_components`	评分来源或无分数的原因。`structure=not scored` 表示结构距离未计入分数。范围模式下，已评分行注明分数取自各 pH 点的最大值。
`explanation`	评分依据、未评估原因或范围模式汇总说明。
`ph`	单 pH 模式下的分析 pH。范围模式下留空。
`temperature_c`	分析温度，单位为 °C。
`rule_version`	本次使用的规则版本。内置规则为 `8.54`。
`rule_hash`	本次使用的原始规则文件的 SHA-256。
`distance_atom_1`、`distance_atom_2`	距离计算所用的两个原子标签，包含所在残基一侧。序列输入或没有定义诊断距离的规则留空。
`distance_angstrom`	两个原子之间的距离，单位为埃（Å）。距离仅供参考，无法计算时留空。
`reference`	命中规则引用的文献简写。
`software_version`	生成报告的软件版本。
`report_schema_version`	报告字段结构版本，当前为 `2`。
`input_name`	输入文件名。
`input_sha256`	原始输入文件内容的 SHA-256。
`evidence_snapshot_id`	随程序提供的文献证据快照标识。
`evidence_sha256`	文献证据快照文件的 SHA-256。
`export_filters`	导出筛选条件，以 JSON 字符串保存。`chain`、`risk` 或 `pattern` 对应空数组时，表示该类别未设筛选条件。
`analysis_row_count`	导出筛选前的证据行数。
`exported_row_count`	筛选后实际写入报告的证据行数。
`score_ph_<pH>`	该 pH 下的分数，未评估时留空。仅范围模式生成。
`risk_ph_<pH>`	该 pH 下的风险标签。仅范围模式生成。
`explanation_ph_<pH>`	该 pH 下的评分或未评估说明。仅范围模式生成。

参考文献

Josef Vlasak, Roxana Ionescu (2011) Fragmentation of monoclonal antibodies, mAbs, 3:3, 253-263, DOI: 10.4161/mabs.3.3.15608

Cleavage Ptm