AA to CG

简介

一键式将全原子结构转换为粗粒化结构（Martini 3格式）。支持将蛋白结构（可含配体/金属/溶剂）及外部小分子结构转换为可直接用于 GROMACS 分子动力学模拟的完整粗粒化体系（粗粒化结构 + 粗粒化力场 + 位置限制文件）。

适用场景：

• 蛋白结构整体转换：自动拆分蛋白/小分子配体/金属/水并分别粗粒化后合并为一个整体的 Receptor 体系。
• 小分子配体批量转换：压缩包输入，批量对小分子配体进行粗粒化。

参数说明

Receptor

提供要粗粒化的蛋白结构，使用 PDB 文件，可包含小分子配体、离子和水。Receptor 与 Ligand 至少提供一项；仅处理外部小分子时可留空。

Ligand

提供独立处理的外部小分子结构，可使用单个 MOL2、PDB、ENT、SDF 或 MOL 文件，或 TAR.GZ、TGZ、TAR、ZIP 压缩包。可与 Receptor 同时使用，也可单独提供；无需处理外部小分子时留空。

Ligand Smiles From Receptor

为从 Receptor 拆分出的小分子配体提供 SMILES 模板。单个配体填写 SMILES；多个配体使用 残基名:SMILES;残基名:SMILES。不指定模板时留空。

Ligand Smiles From External

为外部 Ligand 提供 SMILES 模板。单个配体填写 SMILES；多个配体使用 文件名前缀:SMILES;文件名前缀:SMILES。不指定模板时留空。

Elastic

控制蛋白粗粒化时是否使用弹性网络，默认开启；选择 No-Elastic 可关闭。

pH

设置粗粒化处理所采用的质子化环境 pH，填写数值，默认为 7.0。

Minimization

控制是否对粗粒化结果进行能量最小化，默认关闭。开启后分别优化粗粒化后的 Receptor 体系和每个外部 Ligand 分子。

结果说明