Grid Free Energy

简介

根据蛋白与探针体系的分子动力学轨迹，计算探针占据率和格点自由能，识别相互作用热点及潜在结合位点，并提供位点自由能、亲和力估算、相关残基及体积。指定已知蛋白–蛋白相互作用（PPI）界面后，可评估位点对界面的覆盖情况。

参数说明

Path File

上传蛋白与探针体系的上游动力学任务输出的 path.txt，作为分析输入。同一体系的续跑轨迹按文件记录顺序分析。 此项必填。

Reference Path File

上传水和探针组成的体相参考任务输出的 path.txt。参考体系不含蛋白，须包含本次分析使用的全部探针种类；不提供时根据探针数量和盒体积估算体相基准。

Probe Residue

指定探针残基名，例如 IPRO。未填写时自动识别蛋白、水及内置离子列表之外的残基。

PPI Residues

指定已知蛋白–蛋白相互作用界面残基，用空格或逗号分隔。例如，P 表示链名。支持 45、LEU45、P:45、P:LEU45、P45，可混合填写；编号及链标识应与输入蛋白一致。未指定的链或残基名不限制匹配条件。

例如：54 61 62 67 93 96 或 P:54,P:61,P:62,P:67,P:93,P:96。冒号前链名区分大小写；紧凑链名及残基名按大写识别。

PPI Selection

使用 MDAnalysis 原子选择表达式定义界面，例如 resid 54 61 62。残基列表优先于选择表达式；需要按链匹配时使用 PPI Residues 中的链名格式。

Configuration YAML

提供 YAML 分析配置文件。未上传时使用默认设置；单独填写的分析参数优先于文件中的对应设置。

Temperature

自由能与亲和力换算使用的温度，默认 300 K，应与动力学模拟温度一致。

Bulk Occupancy

手动设置均匀溶液中每个网格单元的平均探针占据数 n₀，须为正数。填写后直接采用该值；否则优先使用参考轨迹，未提供参考轨迹时自动估算。

Grid Spacing

网格间距，默认 1.0 Å，须大于 0。较小的间距提高空间分辨率，也会增加计算量。

Grid Padding

网格在蛋白边界外的扩展距离，默认 8.0 Å。

Contact Cutoff

探针重原子与蛋白重原子的接触距离阈值，默认 5.0 Å，用于筛选参与占据率计算的探针。

Energy Threshold

热点自由能阈值，默认 −1.0 kcal/mol。自由能低于该值的位置参与热点识别。

Minimum Ligand Efficiency

热点的最低配体效率，默认 0.25 kcal/mol/atom，表示按探针重原子数归一化的有利自由能贡献。

Cluster Distance

将邻近热点合并为结合位点的距离阈值，默认 6.2 Å。

Minimum Spots

一个结合位点所需的最少热点数，默认 3。

Maximum Charge

位点总电荷绝对值的上限，默认 3.0 e。

Maximum Charged Probes

每个位点中带电探针热点的数量上限，默认 4。

Residue Cutoff

判断热点与蛋白残基接触的距离阈值，默认 5.0 Å。

Residue LE Threshold

残基映射使用的最低热点配体效率，默认 0.25 kcal/mol/atom；设为 0 时不按配体效率过滤。

结果说明

其中 binding_sites.csv 包括以下信息：

PPI 指标需结合提供的界面定义解读；未提供界面定义时不进行覆盖评估。未识别到符合筛选条件的结合位点时，位点表为空。