Ab–Excipient Effect Prediction (AbExMap)

简介

基于深度学习的抗体辅料效应预测工具，输入抗体序列与辅料条件（SMILES:浓度），输出在指定辅料条件下抗体残基级接触概率图及抗体聚集倾向升降判定。模型采用冻结 ESM-2 650M 序列编码器与分子指纹差分预测头，辅料以 Morgan 分子指纹编码，支持以辅料名称或 SMILES 指定条件，预测辅料对抗体聚集倾向的影响。逗号分隔的条件分别独立预测。

适用场景：

• 抗体辅料全面板筛查：单次可预测 64 种辅料 × 各 3 浓度档共 192 个条件下抗体残基级接触概率图及抗体聚集倾向升降判定
• 新辅料预测：指定辅料 SMILES 和浓度，预测抗体残基级接触概率图及聚集倾向升降

辅料面板一览

参数说明

FASTA File

提供抗体氨基酸序列，须上传 FASTA、FA 或 FAA 文件。文件应仅包含一条序列记录，完整序列须写在一行。

Conditions

指定待预测的辅料条件，使用 辅料名称:浓度 或 SMILES:浓度，浓度单位为 mM。多个条件用逗号分隔，各条件分别独立预测。默认留空，筛查 64 种辅料的 192 个条件。例如 arg:100,glycerol:543,urea:1000；新 SMILES 示例为 OCC(O)CO:300。

dtype

选择模型推理精度，可选 bf16 或 fp32，默认为 bf16。不支持 bf16 的旧显卡请选择 fp32。

结果说明

输出结果包括：

其中 summary.csv 包含信息如下：