3D Conf Generation (AlphaConf)

简介

3D Conf Generation (AlphaConf)采用唯信计算自研的分子三维构象生成算法，超快速生成分子三维构象库，比Open Eyes的Omega至少快一个数量级，后者被认为是目前最高效的商业产品。它也比薛定谔的ConfGenX快一个数量级以上。其优异的构象多样性和质量已被下游应用证明。AlphaConf非常适合用于药物分子发现的超高通量虚拟筛选。其技术特点如下：

1. 通过采用限制性结构片段定义，构象生成精度已媲美Schrodinger的ConfGenX算法，明显优于同类开源算法，如：RDKit。
2. 通过采用非重复构象生成方法，节省大量计算时间，计算速度远超同类算法。
3. 专利数据格式（AC 格式），用于高效的数据存储和检索。例如，与主流的SD格式相比，数据压缩率约为400-800倍。这也意味着我们可以通过多核并行化在大约一周内为数十亿个药物分子生成构象异构体，并将它们存储在具有几TB存储容量的磁盘上。构象检索也非常令人印象深刻：每秒从磁盘获取1-2百万个3D构象（使用中等的8核机器）。
   AlphaConf与其他构象生成工具的对比情况。
   

参数说明

Input File

小分子结构文件，SDF格式或者压缩的SDF格式（.gz文件）。

Max Confs

每个分子的最大构象数，默认100。

Energy Window

构象能量截断值（单位：kcal/mol），默认20kcal/mol。

Output File

指定输出文件名称，后缀是.sd，.ac，.ac.gz或者.aux.gz。除了构象文件外，当输出文件后缀为.ac.gz或者.aux.gz还会输出片段库文件（文件后缀为.aux，其文件名根据构象文件名称自动命名，如：构象文件名设置为conf.ac.gz，片段文件名自动命名为conf.aux.gz）。

结果说明

输出结果包括：