Descriptors (PaDEL)
计算分子描述符和分子指纹。描述符可以概括分子的组成、理化性质、拓扑结构和三维形状。本模块适合进行分子性质比较、化合物筛选、相似性分析，以及为 QSAR 或机器学习中准备分子特征。
参数说明
Structure
上传分子结构文件。支持SDF,MOL和SMILES文件。
Descriptor Type
选择需要计算的描述符类型。每次选择一种，默认:2D。
选项
说明
指标数量
2D
分子组成、理化性质、官能团、环结构和拓扑连接特征
1444
3D
分子形状、空间距离、表面积、电荷表面积和转动惯量等特征
431
fingerprint
用一组结构标记表示分子中是否存在特定子结构或原子关系
取决于所选指纹
一般情况下优先选择 2D。只有输入文件具有可靠且可比较的三维构象时，才建议选择 3D。选择 fingerprint 后，还需要在下方选择具体的指纹类别。
Fingerprint SubType
仅在 Descriptor Type 选择 fingerprint 时使用。支持同时选择多个类别，默认：pubchem。
选项
指标数量
说明
pubchem
881
元素、环、原子关系和常见子结构
maccs
166
常见药物化学结构键
estate
79
原子的电拓扑状态类型
cdk
1024
分子路径和局部连接模式
extended
1024
扩展的分子路径和结构模式
graph
1024
以分子图连接关系为主的结构模式
substructure
307
预定义子结构是否存在
substructure-count
307
预定义子结构出现的次数
klekota-roth
4860
较详细的药物化学子结构
klekota-roth-count
4860
Klekota–Roth 子结构出现的次数
atom-pairs-2d
780
原子类型及其二维拓扑距离
atom-pairs-2d-count
780
二维原子对出现的次数
all
16092
以上所有指纹类别
Remove Salt
设置前是否去除盐和较小的游离片段，去盐可能改变分子量、原子数、电荷和其他描述符。默认：TURE
Detect Aromaticity
设置是否重新识别分子中的芳香结构，当分子来自不同数据源，或芳香性标记可能不一致时，可以选择 True。重新识别后，芳香原子数、芳香键数和部分拓扑描述符可能发生变化。默认：TURE
Standardize Nitro
设置计算前是否统一硝基的结构表示。默认：TURE
Output
设置结果文件名，默认文件名为descriptors_padel.csv。
结果说明
输出descriptors_padel.csv，结果表格中每一行对应一个输入分子。由于指标数量较多，下面只列出各类型的主要内容和代表性字段，不逐项展示全部字段。
描述符类型
说明
代表性字段示例
2D
根据分子式和二维连接关系得到的组成、理化性质及拓扑特征
MW、ALogP、TopoPSA、nHBAcc、nHBDon、nRotB、nRing
3D
根据三维坐标得到的形状、空间分布、表面积及惯性特征
geomRadius、geomDiameter、geomShape、MOMI-X、PPSA-1、DPSA-1、RDF10u
fingerprint
分子中是否存在特定结构，或特定结构出现的次数
PubchemFP0～PubchemFP880、MACCSFP1～MACCSFP166
参考文献
Yap C. W. 2011, PaDEL-descriptor: An open source software to calculate molecular descriptors and fingerprints, Journal of Computational Chemistry, 32:7, 1466-1474, DOI: 10.1002/jcc.21707
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