Grafting v2.5

简介

Grafting模块是移植抗体的CDR到特定的框架区模板上，通常用于人源化设计。版本：v2.5

参数说明

Antibody Sequence File

抗体序列文件，FASTA格式

Numbering Type

抗体编号规则：kabat，imgt，chothia，martin，aho，ccg

Output File

指定输出抗体graft后的序列文件名称，FASTA格式

Output Policy

指定输出graft策略文件，JSON格式

Germline Score

指定输出抗体FR区序列比对同源性打分文件

Species

待移植模板的物种：human,cat,dog,默认为human

Germline

指定轻链或重链使用特定germline模板，也可都指定，写法如下：

seq_name1:germline_name1,seq_name2:germline_name2

其中链名来自于流程第一步输入的fasta文件。
例1：以下语句为链"Infliximab.H"指定了模板"IGHV3-7*01"：

Infliximab.H:IGHV3-7*01

例2：以下语句为两条链分别指定了模板：

Infliximab.H:IGHV3-7*01,Infliximab.L:IGKV1-39*01

Template V Sequence

指定抗体可变区 V 基因 的参考模板序列，FASTA格式。

Template J Sequence

指定抗体可变区 J 基因 的参考模板序列，FASTA格式。

Germline Hits

指定输出FR区序列比对结果文件，FASTA格式

Number of Hits

指定输出命中序列的数目

结果说明

输出结果包括：