| 编号 | 591 | |
| 名称 | Humanization (BioPhi) | |
| 封面 | .png) | |
| 描述 | 基于BioPhi的抗体序列人源化设计 | |
| 标签 |
| |
| 作者 | David Prihoda | |
| 发布时间 | 2026-08-21 15:42:16 | |
| 参考文献 | David Prihoda, Jad Maamary, Andrew Waight, Veronica Juan, Laurence Fayadat-Dilman, Daniel Svozil & Danny A. Bitton (2022) BioPhi: A platform for antibody design, humanization, and humanness evaluation based on natural antibody repertoires and deep learning, mAbs, 14:1 | |
- 简介
- 参数说明
- FASTA File
- Output File
- Numbering Scheme
- CDR Definition
- Iterations
- Humanize CDRs
- Max Sequences
- Fasta Only
- Scores Only
- Mean Score
- Output File
- 结果说明
- Sapiens.xlsx
- Overview
- VH或者VL
- OASis Curves
- 序列名称
- alignments.txt
- humanized.fa
- Mean Score Only 模式
- Scores Only 模式
- 参考文献
Humanization (BioPhi)
简介
Humanization (BioPhi)是抗体序列人源化评分工具，不依赖于有限的人源种系（germline）序列，而是基于海量的天然人类抗体库（Observed Antibody Space, OAS）。该数据库包含来自数百个受试者的数亿条序列，这使得它能捕捉到更丰富、更多样化的抗体序列空间。将待评估的抗体序列切割成所有可能的、长度为9个氨基酸的短肽（9-mer），将这些短肽放到庞大的OAS数据库中进行搜索，找出每个短肽在真实人类抗体库中出现的频率，以及携带该短肽的个体数量。如果一个序列中的大多数短肽在人类抗体库中都很常见，那么它的OASis评分就高，意味着“看起来很人类”，免疫原性风险较低；反之，如果含有大量在人类中罕见的短肽，则评分低，提示可能需要进一步人源化改造。
参数说明
FASTA File
上传抗体FASTA序列文件，用于进行抗体人源化分析。
Output File
输出文件名称。
Numbering Scheme
可变区编号规则，支持 kabat、chothia、imgt、aho。
CDR Definition
CDR 区域定义规则，支持 kabat、chothia、imgt、north。
Iterations
Sapiens 模型运行迭代次数，用于发现更多人源化突变。
Humanize CDRs
是否允许对 CDR 区域进行人源化突变。
Max Sequences
单次处理的最大序列数量，默认 1000，可通过环境变量 MAX_SEQS 设置。
Fasta Only
仅输出人源化后的 FASTA 序列文件，可加快处理速度。
Scores Only
仅输出 Sapiens 模型位置-残基评分 CSV 文件。
Mean Score
输出每条序列对应的平均 Sapiens 分数 CSV 文件。
Output File
结果说明
Sapiens.xlsx
Sapiens.xlsx 为默认输出的评分结果文件，包含 Overview、VH、VL、OASis Curves 和抗体名称对应的详细结果 Sheet。
Overview
Overview Sheet 包含抗体人源化前后的总体评分结果及相关参数信息。
| 列名 | 说明 |
|---|---|
Antibody |
抗体名称 |
OASis Percentile |
OASis 百分位评分，用于表示序列在人类天然抗体库中的相对评分 |
OASis Identity |
抗体序列与人类天然抗体库中最接近序列的同一性（相似度） |
Non-human Peptides |
序列中非人源肽段相关信息 |
Settings |
本次分析的运行参数设置信息 |
Threshold |
分析使用的阈值 |
VH或者VL
VH/VL Sheet 包含抗体重链可变区的编号及对应氨基酸残基信息。
| 列名 | 说明 |
|---|---|
Antibody |
抗体名称 |
scheme |
抗体可变区编号方案 |
chain_type |
抗体链类型 |
| 氨基酸位置编号 | 对应编号位置的氨基酸残基 |
OASis Curves
OASis Curves Sheet 包含抗体序列在不同 OASis 百分位条件下的数据。
| 列名 | 说明 |
|---|---|
Antibody |
抗体名称 |
Type |
序列类型，例如原始序列（Parental）或人源化序列（Humanized） |
0%～90% |
对应不同百分位条件下的 OASis 数据 |
序列名称
序列名称 Sheet 包含该抗体的详细分析结果。
| 列名 | 说明 |
|---|---|
Antibody |
抗体名称 |
Chain type |
抗体链类型 |
Region |
抗体序列区域 |
Aho |
AHo 编号位置 |
AA |
对应位置的氨基酸残基 |
Germline |
对应的 Germline 信息 |
Chain Freq |
链频率 |
Family Freq |
家族频率 |
Peptide Seq |
对应的肽段序列 |
Peptide Num OAS Subjects |
OAS 数据库中包含该肽段的受试者数量 |
Peptide Fraction OAS Subjects |
包含该肽段的 OAS 受试者比例 |
Peptide Num OAS Hits |
OAS 数据库中该肽段的命中数量 |
A-Y |
氨基酸 A-Y 对应的数据 |
alignments.txt
序列比对文件，包含原始抗体序列与人源化后序列的比对结果。
humanized.fa
人源化后的抗体序列 FASTA 文件。
Mean Score Only 模式
输出mean-score-only.csv文件内容包括：
| 列名 | 说明 |
|---|---|
id |
抗体序列名称或 ID |
chain |
抗体链类型 |
sapiens_score |
对应序列的 Sapiens 评分 |
Scores Only 模式
输出 scores-only.csv文件内容包括：
| 列名 | 说明 |
|---|---|
raw_pos |
序列中的原始氨基酸位置 |
id |
抗体序列名称或 ID |
chain |
抗体链类型 |
input_aa |
输入序列该位置对应的氨基酸残基 |
A-Y |
该位置氨基酸 A-Y 的 Sapiens 评分 |
参考文献
- David Prihoda, Jad Maamary, Andrew Waight, Veronica Juan, Laurence Fayadat-Dilman, Daniel Svozil & Danny A. Bitton (2022) BioPhi: A platform for antibody design, humanization, and humanness evaluation based on natural antibody repertoires and deep learning, mAbs, 14:1, DOI: https://doi.org/10.1080/19420862.2021.2020203
