| 编号 | 580 | |
| 名称 | Protein Stability (ESM3 & SaProt) | |
| 封面 |  | |
| 描述 | 预测蛋白热力学稳定性，集成经微调的ESM3和SaProt模型。 | |
| 标签 |
| |
| 作者 | Yehlin Cho | |
| 发布时间 | 2026-05-19 00:00:00 | |
| 参考文献 | Cho Y., Tsuboyama K., Litberg T. J., et al. 2026, Accurate protein stability prediction for small domains using mega-scale experiments | |
- 简介
- 参数说明
- Absolute Stability (Single Chain)
- Structure
- Absolute Stability (Complex)
- Complex
- Target Chain
- Binder Chain
- Mutation Energy of Stability
- Structure
- Chain
- 结果说明
- 参考文献
Protein Stability (ESM3 & SaProt)
简介
Protein Stability (ESM3 & SaProt) 用于预测蛋白热力学稳定性，集成经微调的 ESM3ΔG 和 SaProtΔG 模型。模块可基于 PDB/CIF 结构文件，对指定蛋白链生成残基级稳定性预测，并输出链级或复合物级平均 ΔG；同时支持单点突变扫描，预测突变引起的稳定性变化（ΔΔG），用于辅助筛选更稳定的候选蛋白或突变位点。
参数说明
Absolute Stability (Single Chain)
计算结构中每条蛋白单链的绝对稳定性 dG。
Structure
需计算单链绝对稳定性的蛋白结构文件，支持 PDB/CIF 格式；同时支持批量结构输入，可将批量结构文件压缩打包。支持格式包括 .zip、.tar、.tar.gz、.tgz、.tar.bz2、.tbz2、.tar.xz、.txz。
Absolute Stability (Complex)
计算结构中复合物（指定链）的绝对稳定性 dG，同时计算相应单链的 dG。
Complex
蛋白复合物结构文件，支持 PDB/CIF 格式；同时支持批量结构输入，可将批量结构文件压缩打包。支持格式包括 .zip、.tar、.tar.gz、.tgz、.tar.bz2、.tbz2、.tar.xz、.txz。
Target Chain
指定复合物中作为受体的链，支持多链，使用逗号分隔，如 A,B。
Binder Chain
指定复合物中作为配体的链，支持多链，使用逗号分隔，如 A,B。未指定时，默认选取结构中除 Target Chain 外的所有链作为配体。
Mutation Energy of Stability
计算结构中指定链饱和单点突变对应的稳定性变化 ddG。
Structure
蛋白结构文件，支持 PDB/CIF 格式；同时支持批量结构输入，可将批量结构文件压缩打包。支持格式包括 .zip、.tar、.tar.gz、.tgz、.tar.bz2、.tbz2、.tar.xz、.txz。
Chain
指定需进行单点饱和突变分析的蛋白链，支持多链，使用逗号分隔，如 A,B。未指定时使用全部链。
结果说明
Absolute Stability 预测输出 absolute_stability.csv，包含信息如下：
| 字段 | 说明 |
|---|---|
Structure |
输入结构文件名称 |
Chain_{CHAIN}_Absolute_Stability(ESM3) |
ESM3ΔG 对指定单链的绝对稳定性预测值；值越大表示越稳定 |
Complex_Absolute_Stability(ESM3) |
ESM3ΔG 对指定 binder-target 复合物的绝对稳定性预测值；值越大表示越稳定 |
Chain_{CHAIN}_Absolute_Stability(SaProt) |
SaProtΔG 对指定单链的绝对稳定性预测值；值越大表示越稳定 |
Complex_Absolute_Stability(SaProt) |
SaProtΔG 对指定 binder-target 复合物的绝对稳定性预测值；值越大表示越稳定 |
Absolute Stability 预测还会输出逐残基明细表 absolute_stability_details.csv，包含信息如下：
| 字段 | 说明 |
|---|---|
Structure |
输入结构文件名称 |
Chain |
残基所属的蛋白链 ID |
Position |
残基从 1 开始的位置编号 |
Residue |
残基类型 |
Absolute_Stability(ESM3) |
ESM3ΔG 模型对应的当前残基绝对稳定性贡献。Single Chain 模式下为单链贡献值，Complex 模式下为复合物中的贡献值；值越大表示稳定性贡献越高 |
Absolute_Stability(SaProt) |
SaProtΔG 模型对应的当前残基绝对稳定性贡献，定义同上 |
Mutation Energy of Stability 预测输出 mutation_stability.csv，包含信息如下：
| 字段 | 说明 |
|---|---|
Structure |
输入结构文件名称 |
Chain |
被扫描的蛋白链 ID，如 A、B |
Mutation |
突变位点，格式通常为“野生型氨基酸 + 位置 + 突变氨基酸”，如 A123V |
ddG_Stability(ESM3) |
ESM3ΔG 预测的突变稳定性变化值，即突变后的 dG(Mut) - 野生型 dG(WT)；正值表示稳定性增强，值越大增强幅度越大，负值表示稳定性降低 |
ddG_Stability(SaProt) |
SaProtΔG 预测的突变稳定性变化值，定义同上 |
参考文献
- Cho Y., Tsuboyama K., Litberg T. J., et al. 2026, Accurate protein stability prediction for small domains using mega-scale experiments, bioRxiv, Preprint, DOI: 10.64898/2026.05.19.726285
