MD (GMX2024) v2

简介

基于 GROMACS 的分子动力学模拟自动化脚本，覆盖能量最小化、NVT/NPT 温压平衡、成品模拟全流程，并集成 PLUMED Metadynamics 增强采样与距离/角度/二面角限制性模拟支持。

适用场景：

1. 非膜体系或膜体系的多阶段平衡与生产模拟（mini → nvt → npt → md）
2. 基于已有模拟结果的续跑（延长模拟或更换 MDP 参数续跑）
3. 距离/角度/二面角限制性模拟
4. 配合 PLUMED 进行构象空间增强采样

参数说明

System Topology

体系的拓扑输入文件，.top格式。全新模拟必选。

System Structure

体系的结构输入文件，.gro格式。全新模拟必选。

System ITP

体系的参数输入文件包，支持 .zip、.tgz 和 .tar.gz格式。全新模拟必选。

Index File

体系的索引输入文件，.ndx格式。全新模拟必选。

MDP File

用于分子动力学模拟的 MDP 参数输入文件，支持单个 .mdp文件或压缩包（.zip/.tgz/.tar.gz）。全新模拟和续跑方式二（新 MDP 续跑）必填。

MDP Sequence

MDP 输入文件的执行顺序，逗号分隔。文件名可不带 .mdp 后缀（自动补全）。不指定时按阶段前缀（mini/min/em → nvt → npt → md）自动排序，大小写不敏感，支持 _、-、. 分隔符。

CPT File

Checkpoint 文件（.cpt），仅全新模拟且首个 MDP 文件不是能量最小化时生效，为第一个动力学阶段提供初始速度和初始结构。续跑模式无效。

Path File

历史模拟路径文件，用于续跑。指定后进入续跑模式。如指定 Time 参数则进入续跑方式一（在历史模拟的参数基础上继续延长指定时长）；如指定 MDP File参数则进入续跑方式二（在历史模拟的结果基础上更换 MDP 参数进行续跑）。

Time

续跑延长时间（单位 ns），仅续跑方式一（延长模拟）使用。脚本从上次日志读取积分步长 dt 并计算新增步数。

Restraint File

限制性模拟时输入的限制参数文件，定义距离/角度/二面角限制。原子可用全局号、残基号,原子名 或 链名,残基号,原子名 指定。

Restraint MDP

启用限制的 MDP 阶段，逗号分隔。文件名可不带 .mdp 后缀（自动补全）。当分子动力学模拟运行到指定的 MDP 阶段时，会读入Restraint File内容进行限制性模拟。minimization阶段不支持进行限制，如命中会告警并跳过。

Metad Dat File

PLUMED 配置文件（.dat），用于 Metadynamics 增强采样。

Metad Ndx File

Metadynamics 增强采样的索引文件（.ndx）。

结果说明

输出结果包括：

能量分析覆盖所有非优化阶段（nvt/npt/md），各段能量数据按时间顺序合并为连续时间轴。