GMX MDP Generation

简介

基于模板自动生成 GROMACS MDP 文件的工具，根据系统组分和模拟类型选择对应模板，并通过参数化配置生成能量最小化（MINI）、NVT/NPT 平衡、分子动力学（MD）、拉伸分子动力学（SMD）和退火 MD （Anneal_MD）所需的 MDP 文件。

适用场景：

1. 标准分子动力学模拟流程（mini → nvt → npt → md）
2. 膜蛋白或含配体体系的模拟参数配置
3. 拉伸分子动力学（SMD）和退火模拟的 MDP 生成
4. 使用自定义 MDP 文件或压缩包快速部署

参数说明

Model Type

选择输入结构的模型类型：aa 为全原子，cg 为 Martini 粗粒化，当前面板默认为 aa。输入结构应与所选模型类型一致。

Components

系统组分，可多选，可选项：membrane、receptor、ligand。solvent 始终隐含，无需指定。

Types

生成的 MDP 文件类型，可多选，可选项：mini、nvt、npt、md、smd、anneal_md。smd 和 anneal_md 不可同时选择。脚本根据优先级（smd > anneal_md > md > npt > nvt > mini）确定 target 类型（优先级最高的为target类型），target 文件接收所有参数修改。

User MDP

用户提供自定义 MDP 文件或压缩包，指定后所有其他参数设置均忽略。支持 .mdp、.tar.gz、.tgz、.zip 格式。

Duration

模拟时长，单位 ns。默认值：md/anneal_md 为 100 ns，smd 为 10 ns。仅 target 文件生效。

Time Step

时间步长，单位 ps，默认 0.002。仅 target 文件生效。

NSTXOUT Compressed

压缩坐标写入频率，默认 50000（步）。仅 target 文件生效。

Coulomb Type

静电相互作用方法，可选项：Cut-off、Ewald、PME，默认 PME。仅 target 文件生效。

VDW Type

范德华相互作用方法，可选项：Cut-off、PME，默认 Cut-off。仅 target 文件生效。

Temperature Coupling

温度耦合方法，可选项：Berendsen、V-rescale，默认 V-rescale。仅 target 文件生效。

Reference Temperature

参考温度，单位 K，支持单个值（广播到所有 tc-grps）或多个值（数量须等于 tc-grps 数）。默认膜体系 310 K，非膜体系 300 K。对所有含温度耦合的文件生效。

Temperature Groups

温度耦合组名，默认根据 --components 自动生成。自定义时数量须与实际组数一致。

Pressure Coupling

压力耦合方法，可选项：Berendsen、Parrinello-Rahman、C-rescale，默认 C-rescale。仅 target 文件生效。

Pressure Coupling Type

压力耦合类型，可选项：isotropic、semiisotropic、anisotropic、surface-tension。默认膜体系 semiisotropic，非膜体系 isotropic。仅 target 文件生效。

Reference Pressure

参考压力，单位 bar，支持单个值（广播）或多个值。数量须与 pcoupltype 对应（isotropic=1, semiisotropic=2, anisotropic=6, surface-tension=2）。仅 target 文件生效。

Annealing

退火类型，每个 tc-grps 一个值，可选项：single、periodic、none。none 表示禁用 nvt 中的退火参数。anneal_md 类型必填，四个退火参数须同时指定。

Annealing Npoints

每个 tc-grps 的退火点数，数量须等于 tc-grps 数。

Annealing Time

退火时间点，总数须等于所有 annealing-npoints 之和。

Annealing Temp

退火温度点，总数须等于所有 annealing-npoints 之和。

Pull Group Name

SMD 拉伸组定义，必填。分号分隔不同 coord，冒号分隔同一 coord 内的组。组名支持名称（如Protein）、链名（如A）、残基范围（如A35-100）。

Pull Coord Geometry

每个 coord 的几何类型，分号分隔，数量须等于 coord 数。可选项及所需组数：

• distance：2 组
• direction：2 组
• direction-periodic：2 组
• angle：4 组
• dihedral：6 组

Pull Coord Type

每个 coord 的拉伸类型，分号分隔，默认 umbrella。支持单个值广播。可选项：umbrella、constraint、constant-force。

Pull Coord Rate

每个 coord 的拉伸速率，分号分隔，默认 0.005。constant-force 类型不消耗值。

Pull Coord K

每个 coord 的力常数，分号分隔，默认 1000。

Pull Coord Dim

每个 coord 的维度/方向向量，分号分隔，默认 Y Y Y。仅对 distance、direction、direction-periodic 有效。

Custom

自定义 MDP 字段覆盖，格式为 key=val;key=val，在所有其他参数之后执行，优先级最高。

Output

输出文件名，默认 mdp.tar.gz。

结果说明

输出结果包括：