GMX Solvation

简介

统一的 GROMACS 体系溶剂化与离子化工具。根据输入自动判定工作模式，完成结构拼接、拓扑合并、建盒子、加水、加离子与索引生成，输出可直接用于分子动力学模拟的体系文件。

适用场景：

• 非膜体系：对受体（蛋白/核酸）单独或与配体一起溶剂化，按需加离子。
• 膜体系：处理已预先溶剂化的膜，可嵌入受体与配体，按需加离子并做电荷中和。

参数说明

Model Type

选择输入结构的模型类型：aa 为全原子，cg 为 Martini 粗粒化，当前面板默认为 aa。输入结构应与所选模型类型一致。

Membrane Topology

膜拓扑输入文件，top 格式，膜体系必需。与 Membrane Structure、Membrane ITP 三者必须同时提供。

Membrane Structure

膜结构输入文件，gro 格式，膜体系必需，应为已预先溶剂化的膜结构。与 Membrane Topology、Membrane ITP 三者必须同时提供。

Membrane ITP

膜参数输入文件包，tar.gz 格式，膜体系必需。与 Membrane Topology、Membrane Structure 三者必须同时提供。

Receptor Topology

受体拓扑输入文件，top 格式。蛋白/核酸体系必须。提供时须与 Receptor Structure、Receptor Itp 三者必须同时提供。

Receptor Structure

受体结构输入文件，gro 格式。蛋白/核酸体系必须。提供时须与 Receptor Topology、Receptor Itp 三者必须同时提供。

Receptor ITP

受体参数输入文件包，tar.gz 格式。蛋白/核酸体系必须。提供时须与 Receptor Topology、Receptor Structure 三者必须同时提供。

Ligand Topology

配体拓扑输入文件，top 格式。提供时须与 Ligand Structure、Ligand Itp 三者必须同时提供。

Ligand Structure

配体结构输入文件，gro 格式。提供时须与 Ligand Topology、Ligand Itp 三者必须同时提供。

Ligand ITP

配体参数输入文件包，tar.gz 格式。提供时须与 Ligand Topology、Ligand Structure 三者必须同时提供。

All Component Parameters

包含体系中所有组分参数化结果的压缩输入文件，可包含蛋白、核酸、膜、配体等组分的参数文件，用于后续 GMX 体系构建与模拟。

Ions

添加的离子类型，不同离子类型用 : ，如 NA:CL。支持 NA、K、CL、CA、MG、ZN。默认不添加离子，体系会自动添加若干离子进行电中性处理。

Ions Number

各离子的添加数量，不同离子的数量用 : 分隔，如50:60。与 Ions参数顺序需一一对应，与 Ions Concentration 二选一。

Ions Concentration

各离子的添加浓度，单位 mol/L，用 : 分隔，如0.15:0.2。与 Ions参数顺序需一一对应，与 Ions Number 二选一。仅提供 --ions 而Ions Number 和 Ions Concentration均未给时默认 0.15 mol/L。

Box Type

盒子类型，默认 cubic。仅非膜模式有效；给体系添加溶剂盒子时作为 gmx editconf -bt 的盒子类型。膜模式忽略。

• cubic：立方体盒
• triclinic：一般三斜盒
• dodecahedron：近似球形、体积更小。通常用于蛋白或小分子体系，因为它能在保证同样最小距离的前提下，减少约 30% 的水分子数，节约计算量。
• octahedron：八面体盒

Distance

盒子边距，单位 nm，默认 1.0。仅非膜模式有效。给体系添加溶剂盒子时溶质到盒子边界的最短距离。膜模式忽略（膜已预溶剂化，自带溶剂盒子）。

Add Water

是否添加溶剂（--add-water / --no-add-water），默认开启（即添加溶剂）。--no-add-water 时不加新溶剂（输入中已有的水保留）。仅非膜模式有效。膜模式忽略（膜已预溶剂化，自带溶剂盒子）。
备注：是否真正加水还取决于拓扑是否 #include 了水模型。

结果说明

输出结果文件包括：