MD PDB Prepare v2

简介

用于在分子动力学模拟前处理复合 PDB 结构，将其拆分为蛋白质、核酸、配体、膜和溶剂组分，并将已生成的组分统一打包，供后续参数化使用。

全原子模式（aa）使用 PDBFixer 对蛋白质和核酸组分进行缺失残基及缺失重原子修复。Martini 粗粒化模式（cg）保留粗粒化珠结构并进行组分拆分，不执行全原子结构修复，也不负责将全原子结构转换为粗粒化结构。

参数说明

参数顺序与面板一致。Input File 是上传的结构文件；Nucleic Acid 至 Components Tar 均填写输出文件名，不是额外的结构输入。

Model Type

选择输入结构的模型类型：aa 为全原子，cg 为 Martini 粗粒化，当前面板默认为 aa。输入结构应与所选模型类型一致。粗粒化结构需预先准备，本模块不进行 AA to CG 转换。

Input File

上传待处理的 PDB 结构文件，此项必填。文件可以包含蛋白质、核酸、小分子配体、膜组分和溶剂，模块会按实际存在的组分进行拆分。

Components Tar

指定所有已生成组分的统一压缩包名称，采用 TAR.GZ 格式，面板默认为 component_structures.tar.gz。压缩包包含实际生成的蛋白质、核酸、配体压缩包、膜和溶剂文件，可作为下游参数化的结构输入。粗粒化体系可使用 component_structures_cg.tar.gz。

输出文件名以对应参数中填写的名称为准。面板预填的是全原子命名；粗粒化流程使用相应的 _cg 名称，不能将更改模型类型视为已填写文件名也会自动改变。

结果说明

结果按输入中实际存在的组分生成，不含某类组分时不会生成对应文件。下表列出当前面板的默认名称和粗粒化流程常用名称；自定义名称时以参数填写值为准。