Protein Sturcture Search (Foldseek)
模块用于在PDB100数据库中检索与输入蛋白复合物相似的结构。模块在接收复合物结构文件后，使用Foldseek-Multimer完成复合物结构比对，并将命中结构的复合物评分、链配对关系、链级比对指标和残基位置映射整理为 CSV 文件，便于进一步筛选和分析结构相似的蛋白复合物。
参数说明
Complex Structure
输入待检索的蛋白复合物结构，支持 PDB/CIF，结构中至少需要包含两条不同的蛋白链。
Alignment Type
指定链级结构比对方式。可选：TM-align 和 3Di+AA 。默认：3Di+AA
- 3Di/AA：使用3Di结构字母表进行快速预筛选，并使用基于“3Di结构字母表 + BLOSUM62”的 Smith-Waterman-Gotoh 算法进行比对（局部比对）。
- TM-align：使用3Di结构字母表进行快速预筛选，并使用 TM-align 进行比对（全局比对）。
结果说明
输出 alignment.csv，每行表示一个复合物命中结果：
| 字段 |
说明 |
id |
结果编号。程序按照 qTM、tTM 等条件排序后从 1 开始依次编号，可用于关联 alignment.csv 中的残基比对信息。 |
qTM |
以查询复合物长度归一化的复合物 TM-score，取值范围为 0–1；数值越大表示整体结构越相似。 |
tTM |
以目标复合物长度归一化的复合物 TM-score，取值范围为 0–1；数值越大表示整体结构越相似。 |
Chain_pairing |
查询链与目标链的配对关系，格式为“查询链:目标复合物_目标链”，例如 A:6b0g-assembly1_D。多组链配对使用分号分隔。 |
Prob |
Foldseek 给出的链级同源匹配概率，取值范围为 0–1。多组数值使用分号分隔，并与 Chain_pairing 中的链配对顺序对应。 |
Seq_Id |
链级比对中相同氨基酸所占比例，取值范围为 0–1。多组数值使用分号分隔，并与链配对顺序对应。 |
E-Value |
链级结构匹配的 E-value；通常数值越小，匹配的统计显著性越高。多组数值使用分号分隔，并与链配对顺序对应。 |
Score |
Foldseek 报告的链级比对分数。多组数值使用分号分隔，并与链配对顺序对应。 |
Query_Pos |
查询链参与比对的起止位置，格式为“起始位置-结束位置”。多组位置使用分号分隔，并与链配对顺序对应。 |
Target_Pos |
目标链参与比对的起止位置，格式为“起始位置-结束位置”。多组位置使用分号分隔，并与链配对顺序对应。 |
输出 alignment_detail.csv，每行表示一组链配对中的相同或相似残基映射：
| 字段 |
说明 |
id |
对应 result.csv 中的结果编号。同一个复合物包含多组链配对时，会出现多行相同的 id。 |
Chain_pairing |
当前残基映射所属的查询链与目标链，格式与 result.csv 中的 Chain_pairing 相同。 |
Identical_AA |
比对中氨基酸类型完全相同的残基位置。格式为“氨基酸查询位置:目标位置”，例如 A1:2；多组残基使用分号分隔。没有相同残基时为空。 |
Similar_AA |
比对中氨基酸类型不同、但 BLOSUM62 替换得分大于 0 的相似残基位置。格式为“查询氨基酸及位置:目标氨基酸及位置”，例如 A3:S11；多组残基使用分号分隔。没有相似残基时为空。 |
