Back Mutation Grouping v2.6

简介

该模块是抗体人源化设计流程中分组模块，根据Mutation Score模块输出的回复突变评分表对回复突变进行分组。

更新内容：

• 模块同时支持人源化和高通量人源化流程。

参数说明

方法1：Mutate

Grafted Chain

抗体CDR区嫁接后序列文件，FASTA格式，由Grafting模块生成

Raw Chain

抗体序列文件，FASTA格式

Mutation Score

人源化突变评分文件，CSV格式，由Mutation Score模块生成

Output File

指定输出的突变序列文件名称，FASTA格式

Cutoff

打分分组的截断值，逗号分割，例如：2,5,10表示将氨基酸突变评分大于10的为一组，5~10的氨基酸为一组，小于2的氨基酸分为一组。

Output Policy

指定输出的回复突变的文件

Type

普通抗体Antibody或者纳米抗体Nanobody

方法2：HTS Mutate

Grafted Chain

抗体CDR区嫁接后序列文件，FASTA格式，由Grafting模块生成

Raw Chain

抗体序列文件，FASTA格式

Mutation Score

人源化突变评分文件，CSV格式，由Mutation Score模块生成

Output File

指定输出的突变序列文件名称，FASTA格式

Cutoff

打分分组的截断值，逗号分割，例如：2,5,10表示将氨基酸突变评分大于10的为一组，5~10的氨基酸为一组，小于2的氨基酸分为一组。

Output Policy

指定输出的回复突变的文件

Type

普通抗体Antibody或者纳米抗体Nanobody

Combination Min Cutoff

突变组合的截断值，Mutation Score模块中输出的氨基酸回复突变打分大于截断值的氨基酸参与生成突变组合

Combination Max Cutoff

高于截断值的突变自动进行回复突变

Combination Site Cutoff

每条链回复突变打分在Combination Min Cutoff与Combination Max Cutoff之间的选择打分前n个位置进行组合突变

结果说明

根据不同截断值得到突变分组结果文件mutate_policy.json。

高通量方法HTS Mutate中根据组合突变截断值得到的突变分组结果文件combination_mutate_policy.json，高通量人源化设计流程。