CRISPR/Cas9 Off-Target Site Search

该模块用于查找CRISPR基因编辑过程中可能出现的脱靶位点，帮助评估靶点的准确性和潜在风险，为基因编辑方案设计提供参考。默认查询hg38参考基因组。

参数说明

Off-target Search

输入脱靶位点查询，用于设置需要搜索的靶点序列、允许的最大错配数以及可选的序列ID，需要使用逗号分隔。模板如下：

搜索模板,DNA bulge最大值,RNA bulge最大值
引导序列,最大错配数
引导序列,最大错配数,自定义ID

示例：

NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNRG,2,1
GGCCGACCTGTCGCTGACGCNNN,5
CGCCAGCGTCAGCGACAGGTNNN,5,Guide_2
ACGGCGCCAGCGTCAGCGACNNN,5

输入时需要注意以下限制：

• 搜索模板和所有引导序列的长度必须完全相同。、
• DNA bulge和RNA bulge必须是的整数，不能大于搜索模板长度。
• 最大错配数必须是整数。
• 同一个文件中不能出现完全相同的引导序列；大小写不同仍视为相同序列。
• 自定义ID可以省略。省略后，程序会按照引导序列所在位置从1开始自动编号。
• 搜索条件文件中至少要有一条引导序列。

搜索模板和引导序列支持以下IUPAC碱基代码：

不支持U、数字、连字符或其他特殊字符。

Output

默认结果文件名是result.csv。

结果说明

输出result.csv，每一行代表一个找到的脱靶位点。同一条引导序列可能找到多个脱靶位点，所以结果中的ID重复是正常现象。字段说明如下：

参考文献

• Sangsu Bae, Jeongbin Park, Jin-Soo Kim, Cas-OFFinder: a fast and versatile algorithm that searches for potential off-target sites of Cas9 RNA-guided endonucleases, Bioinformatics, Volume 30, Issue 10, May 2014, Pages 1473–1475, DOI: 10.1093/bioinformatics/btu048