Chemical Structure Search

简介

ChemicaLite 是一个基于 RDKit 的 SQLite 数据库扩展，专为化学信息学应用设计。可在化合物库中搜索目标分子，支持子结构搜索和相似性搜索两种模式。

核心特性：

• 基于 SQLite 扩展架构，支持标准 SQL 查询
• 集成 RDKit 化学信息学工具包
• 支持子结构搜索和相似性搜索
• 使用 rdtree 索引实现高性能查询

适用场景：

• 化合物数据库管理：构建和管理大规模化合物库
• 虚拟筛选：基于子结构或相似性搜索候选化合物
• 化学空间分析：计算分子描述符和指纹

参数说明

Query

查询分子文件，支持多个文件，格式为 .sdf、.smi、.smiles

Private Library

私有化合物库文件路径，与 Public Library 二选一

Search Method

搜索方法，可选值：

• sim：相似性搜索，基于 Tanimoto 系数
• sub：子结构搜索，基于 SMARTS 匹配
• 默认为sim

Threshold

相似性阈值，范围 0.0-1.0，默认为 0.7，仅在相似性搜索时有效

Hits SDF

输出 SDF 文件路径，默认为 hits.sdf

Hits Info

命中信息 CSV 文件路径，默认为 hits.csv

结果说明

输出结果包括：

其中 SDF 文件包含以下分子属性：

其中 hits.csv 包含信息如下：