Extract Fv and Analyze Contacts

简介

从输入 PDB 文件中自动提取抗体 Fv 区域及邻近分子片段，生成包含 Fv 与伙伴链的截断 PDB 和 Fv 序列文件，并进行界面（interface）和氢键（hydrogen bond）相互作用计算。

核心技术

• 自识别 VH/VL：基于保守的 Cys-Trp motif 和 FR1 起始序列特征自动识别可变区，无需外部数据库
• 编号方案：内置 IMGT、Kabat、Chothia、Martin、Aho、CCG 六种 CDR 位置定义
• Fv 截断：按各方案对应的 Fv 末端位置截断，去除 CH1/CL 恒定区（如 IMGT≈128，Kabat≈113）
• 伙伴链保留：通过 NeighborSearch 识别与 Fv 原子距离在截止范围内的所有链（抗原、小分子、离子等），一并写入输出 PDB

适用场景

• 抗体结构预处理：自动提取 Fv 区域用于后续人源化、亲和力成熟等流程
• 分子相互作用分析：计算抗体与抗原、配体之间的界面接触和氢键网络
• 结构数据准备：生成标准化的 Fv 结构文件和序列文件用于下游分析

参数说明

Input Structure

输入的抗体 PDB 结构文件，需包含完整的抗体结构及可能结合的抗原、配体或其他分子。输入时请限制抗体及其相互作用的对象是一对一的，例如一个轻重连构成的抗体对应抗原，而非多个抗体对应一个抗原

Antibody Chain Name

指定结构中的抗体链。设置后仅处理指定链，并跳过抗体链的自动识别。
指定单条链时，该链将作为纳米抗体（VHH）处理。指定多条链时，可通过 链名:类型 显式标注链类型，支持 H（重链）、L（轻链）和 VHH（纳米抗体）。未添加类型后缀时，模块会在指定链中根据序列自动判断链类型。
多个链可使用空格或英文逗号分隔，例如：

• A：将 A 链作为纳米抗体处理。
• H L 或 H,L：指定 H、L 两条链，并自动判断重链和轻链。
• A:H B:L C:H D:L：显式指定两组抗体的重链和轻链。
• A:H,B:L,C:VHH：同时指定常规抗体重链、轻链和纳米抗体链。

Numbering Scheme

抗体编号规则：kabat，imgt，chothia，martin，aho，ccg

Contact Cutoff Distance

Fv 与邻近分子的接触截止距离，用于识别需要保留的伙伴链。单位 Å，默认 10.0 Å。

结果说明

输出结果包括：