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模块信息
介绍文档
| 编号 | 534 | |
| 名称 | Immunogenicity Prediction Report | |
| 封面 |  | |
| 描述 | 对Immunogenicity Prediction (AlphaMHC v2.0)、 Immunogenicity Prediction (AlphaMHC v3.0 beta)和 Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.1.0)、Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.2)、Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.3) 免疫原性评估模块的结果进行汇总，生成分子和表位级别的整合报告。该模块为流程编排组件，需配合上游免疫原性预测模块使用。 | |
| 标签 |
| |
| 作者 | WECOMPUT | |
| 发布时间 | 2026-05-08 00:00:00 | |
| 参考文献 | ||
目录导航
- 简介
- 参数说明
- FASTA
- AlphaMHC v2 Molecule Score
- AlphaMHC v2 Epitope Score
- AlphaMHC v3 Molecule Score
- AlphaMHC v3 Epitope Score
- WeAdapt v4.1 Molecule Score
- WeAdapt v4.1 Epitope Score
- WeAdapt v4.2 Molecule Score
- WeAdapt v4.2 Epitope Score
- WeAdapt v4.3 Molecule Score
- WeAdapt v4.3 Epitope Score
- Molecule Summary
- Epitope Summary
- Risk Summary
- Errors
- 结果说明
Immunogenicity Prediction Report
简介
对Immunogenicity Prediction (AlphaMHC v2.0)、 Immunogenicity Prediction (AlphaMHC v3.0 beta)和 Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.1.0)、Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.2)、Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.3) 免疫原性评估模块的结果进行汇总，生成分子和表位级别的整合报告。该模块为流程编排组件，需配合上游免疫原性预测模块使用。
参数说明
FASTA
FASTA 格式的氨基酸序列文件。
AlphaMHC v2 Molecule Score
AlphaMHC v2.0 分子评分 CSV 文件。
AlphaMHC v2 Epitope Score
AlphaMHC v2.0 表位评分 CSV 文件。
AlphaMHC v3 Molecule Score
AlphaMHC v3.0 分子评分 CSV 文件。
AlphaMHC v3 Epitope Score
AlphaMHC v3.0 表位评分 CSV 文件。
WeAdapt v4.1 Molecule Score
WeAdapt v4.1 分子评分 CSV 文件。
WeAdapt v4.1 Epitope Score
WeAdapt v4.1 表位评分 CSV 文件。
WeAdapt v4.2 Molecule Score
WeAdapt v4.2 分子评分 CSV 文件。
WeAdapt v4.2 Epitope Score
WeAdapt v4.2 表位评分 CSV 文件。
WeAdapt v4.3 Molecule Score
WeAdapt v4.3 分子评分 CSV 文件。
WeAdapt v4.3 Epitope Score
WeAdapt v4.3 表位评分 CSV 文件。
Molecule Summary
分子汇总 CSV 输出路径。
Epitope Summary
表位汇总 CSV 输出路径。
Risk Summary
免疫原性风险评估汇总 CSV 输出路径。
Errors
记录级错误 CSV 输出路径。
结果说明
输出结果包括：
| 文件名 | 说明 |
|---|---|
molecule_summary.csv |
分子级别汇总结果，整合各模块的分子评分 |
epitope_summary.csv |
表位级别汇总结果，整合各模块的表位评分 |
risk_summary.csv |
免疫原性风险评估汇总结果 |
errors.csv |
记录级错误日志，汇总处理过程中的异常信息 |
molecule_summary.csv文件包含信息如下：
| 列名 | 说明 |
|---|---|
molecule |
蛋白质分子名称（取自 FASTA 和 CSV 中的 Protein ID） |
AlphaMHC_v2.0_score |
AlphaMHC v2.0 模块给出的分子级别评分 |
AlphaMHC_v3.0_score |
AlphaMHC v3.0 模块给出的分子级别评分 |
WeAdapt_v4.1_score |
WeAdapt v4.1 模块给出的分子级别评分 |
WeAdapt_v4.2_score |
WeAdapt v4.2 模块给出的分子级别评分 |
WeAdapt_v4.3_score |
WeAdapt v4.3 模块给出的分子级别评分 |
mean_score(v4) |
WeAdapt 三个版本（v4.1 / v4.2 / v4.3）评分的均值，AlphaMHC 不参与统计 |
max_score(v4) |
WeAdapt 三个版本评分的最大值 |
min_score(v4) |
WeAdapt 三个版本评分的最小值 |
epitope_summary.csv文件包含信息如下：
| 列名 | 说明 |
|---|---|
molecule |
蛋白质分子名称 |
chain |
序列 ID（chain 名称） |
epitope_id |
表位编号，格式 Epitope_001，按分子内出现顺序递增 |
epitope_position |
表位在序列上的区间，格式 begin-end（1-based） |
epitope |
代表性表位肽段序列（优先取 FASTA 对应区间子串，否则取聚类中最长肽段） |
mean_score(v4) |
聚类中 WeAdapt 三版评分的均值（AlphaMHC 不参与统计） |
max_score(v4) |
聚类中 WeAdapt 三版评分的最大值 |
min_score(v4) |
聚类中 WeAdapt 三版评分的最小值 |
AlphaMHC_v2.0_score |
聚类中 AlphaMHC v2.0 表位的最高评分 |
AlphaMHC_v3.0_score |
聚类中 AlphaMHC v3.0 表位的最高评分 |
WeAdapt_v4.1_score |
聚类中 WeAdapt v4.1 表位的最高评分 |
WeAdapt_v4.2_score |
聚类中 WeAdapt v4.2 表位的最高评分 |
WeAdapt_v4.3_score |
聚类中 WeAdapt v4.3 表位的最高评分 |
AlphaMHC_v3.0_HLA |
AlphaMHC v3.0 模块关联的 HLA 等位基因（该模块无 HLA 数据，始终为 /） |
WeAdapt_v4.1_HLA |
WeAdapt v4.1 模块关联的 HLA 等位基因，分号分隔 |
WeAdapt_v4.2_HLA |
WeAdapt v4.2 模块关联的 HLA 等位基因，分号分隔 |
WeAdapt_v4.3_HLA |
WeAdapt v4.3 模块关联的 HLA 等位基因，分号分隔 |
overlapping_HLA |
各模块 HLA 集合的交集（至少 2 个模块有 HLA 数据时才计算），无交集或数据不足时为 / |
risk_summary.csv文件包含信息如下：
| 列名 | 说明 |
|---|---|
molecule |
蛋白质分子名称 |
AlphaMHC_v2.0_risk |
AlphaMHC v2.0 模块给出的免疫原性风险等级 |
AlphaMHC_v3.0_risk |
AlphaMHC v3.0 模块给出的免疫原性风险等级 |
WeAdapt_v4.1_risk |
WeAdapt v4.1 模块给出的免疫原性风险等级 |
WeAdapt_v4.2_risk |
WeAdapt v4.2 模块给出的免疫原性风险等级 |
WeAdapt_v4.3_risk |
WeAdapt v4.3 模块给出的免疫原性风险等级 |
