| 编号 | 533 | |
| 名称 | Antibody Numbering v3 | |
| 封面 |  | |
| 描述 | 抗体编号模块，用于注释抗体可变区（Fv）或恒定区（包括 Fc）， 支持几乎所有主流的抗体编号规则，如可变区广泛使用的Kabat、Chothia 和 IMGT，以及恒定区主要使用的EU规则。 | |
| 标签 |
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| 作者 | WECOMPUT | |
| 发布时间 | 2026-04-23 00:00:00 | |
| 参考文献 | ||
- 简介
- 参数说明
- FV Numbering
- FASTA File
- Numbering Scheme
- FC Numbering
- FASTA File
- Numbering Scheme
- 结果说明
Antibody Numbering v3
简介
基于 ANARCI 和 mafft 的抗体序列编号工具，支持 FV 和 FC 批量编号。
Antibody Numbering 是一个抗体序列编号工具，用于将抗体氨基酸序列映射到标准化编号体系。编号后的序列具有统一的位置参照，使得不同抗体之间的同源比对、CDR 精确定位、突变分析等工作成为可能。
抗体序列的氨基酸残基数因克隆不同而差异较大，直接比较两条原始序列很难确定哪些位置是同源的。编号方案通过为每个残基赋予标准化编号来解决这个问题，使研究人员能够准确识别 CDR 和 FR 的边界。
适用场景：
- 抗体工程：精确定位 CDR 区域，指导人源化、亲和力成熟等改造工作。
- 序列分析：对不同来源的抗体进行同源比较，识别保守位点和突变热点。
- 数据库标准化：将序列统一到 IMGT 等标准编号体系，便于入库和检索。
- 质量评估：通过编号结果识别缺失、插入、非典型残基等异常。
FV 编号使用 ANARCI 引擎，自动识别输入序列中的可变区结构域，支持单条序列中包含多个结构域的情况。编号结果包含每个残基的标准化编号、CDR/FR 区域标注及链类型判定。支持 IMGT、Kabat、Chothia、Martin、AHo、CCG 等方案。
FC 编号使用 mafft 多序列比对引擎，将输入序列与已知恒定区模板进行比对，通过匹配率判定同种型和亚型。适用于同型鉴定、Fc 工程改造等下游分析。支持 EU 和 Kabat 方案。
每个编号方案生成独立的 JSON 和 CSV 结果文件。FV 还会生成未覆盖片段 FASTA，FC 还会生成模板匹配率 CSV。summary.jsonl 包含各方案的处理统计，failed.fasta 收集编号失败的序列。
参数说明
FV Numbering
该模式针对抗体的Fv区序列（包括重链 VH 和轻链 VL），通过指定编号规则（如 Kabat、Chothia、或 IMGT等）对氨基酸残基进行标准化编号。
FASTA File
上传需要进行抗体编号的氨基酸序列文件。支持批量提交多条序列，文件内容应使用 FASTA 格式。
Numbering Scheme
可变区编号规则，支持IMGT、Kabat、Chothia、Martin、AHo、CCG、AbM可多选。
FC Numbering
通常用于抗体的EU、Kabat标准化编号。
FASTA File
上传需要进行抗体恒定区编号的氨基酸序列文件。支持批量提交多条序列，文件内容应使用 FASTA 格式。
Numbering Scheme
恒定区编号规则：eu，kabat。默认为eu。
结果说明
输出结果包含以下文件：
| 文件名 | 说明 |
|---|---|
summary.jsonl |
汇总每个编号方案的处理统计，包括成功、未匹配、失败的序列数量 |
failed.fasta |
保存编号失败的原始序列 |
output_{scheme}.json |
抗体编号结果文件，json格式，按不同编号方案分别生成（如 Chothia、IMGT、Kabat、Martin），包含 residue 编号、区域标注和链类型等信息 |
output_{scheme}.csv |
抗体编号结果文件，csv格式，按不同编号方案分别生成（如 Chothia、IMGT、Kabat、Martin），包含 residue 编号、区域标注和链类型等信息 |
non_fv_{scheme}.fasta |
未被识别为 FV 可变区的剩余片段（仅 FV 编号） |
output_{scheme}_match_rate.csv |
输入序列与各 FC 模板的匹配率（仅 FC 编号） |
output_{scheme}_regions.csv |
抗体可变区的链型、物种及 FR/CDR 区域序列文件 |
FV Numbering模式输出的output_{scheme}.csv文件包含信息如下：
| 列名 | 说明 |
|---|---|
| molecule | 抗体链类型（VH = 重链可变区，VL = 轻链可变区） |
| residue | 氨基酸残基（单字母表示，如 E = 谷氨酸） |
| chain_type | 链的具体类型（如 VK = κ轻链，VL = λ轻链，VH = 重链） |
| species | 抗体来源物种（如 human、mouse） |
| is_cdr | 是否属于 CDR 区（True = CDR，False = 框架区 FR） |
| loc | 在原始序列中的位置（从1开始计数） |
| numbering | 抗体编号体系中的位置（如 IMGT/Kabat 编号） |
| insertion | 插入位点标记（如 A、B；无则为空） |
| region | 所属区域（FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4） |
| domain | 所属结构域编号（用于区分多结构域抗体） |
FV Numbering模式输出 output_{scheme}_regions.csv 文件包含抗体可变区的链型、物种及 FR/CDR 区域序列，字段说明如下：
| 列名 | 说明 |
|---|---|
name |
输入序列或抗体链名称，如 1IGT.H、1IGT.L |
domain |
同一输入序列中的抗体可变区编号 |
chain_type |
抗体链型，如 VH（重链可变区）、VK（κ 轻链可变区） |
species |
识别的物种，如 mouse（小鼠）、human（人） |
fr1 |
框架区 FR1 的氨基酸序列 |
cdr1 |
互补决定区 CDR1 的氨基酸序列 |
fr2 |
框架区 FR2 的氨基酸序列 |
cdr2 |
互补决定区 CDR2 的氨基酸序列 |
fr3 |
框架区 FR3 的氨基酸序列 |
cdr3 |
互补决定区 CDR3 的氨基酸序列 |
fr4 |
框架区 FR4 的氨基酸序列 |
FC Numbering模式输出的output_{scheme}.csv文件包含信息如下：
| 列名 | 含义 |
|---|---|
| molecule | 抗体分子ID |
| chain_type | 抗体链类型或来源注释，例如 Mouse IgG2a（小鼠IgG2a亚型） |
| position | EU编号体系中的残基编号（EU index位置） |
| region | 抗体结构区域标注（如 FR、CDR、hinge 等；“-”表示未归类或非关键区） |
| ref_residue | 参考序列（template / germline / wild-type）上的氨基酸 |
| residue | 实际观测或目标结构中的氨基酸 |
| mutation | 突变信息（ref → observed）。“-”表示无突变（完全一致） |
FC Numbering模式输出的output_{scheme}_match_rate.csv文件包含信息如下：
| 列名 | 含义 |
|---|---|
| Chain | 抗体链标识 |
| Template | 用于比对的模板类型（如 IgG1_H 表示 IgG1 重链模板） |
| MatchRate_CH1 | CH1结构域的匹配率（序列或结构相似度） |
| MatchRate_Hinge | Hinge（铰链区）的匹配率 |
| MatchRate_CH2 | CH2结构域的匹配率 |
| MatchRate_CH3 | CH3结构域的匹配率 |
| MatchRate_Global | 全局匹配率（整体结构/序列相似度） |
