使用
模块信息
介绍文档
| 编号 | 530 | |
| 名称 | Small Molecule PK Predictor | |
| 封面 |  | |
| 描述 | 基于 MolPK 模型的药代动力学（PK）参数批量预测工具。利用预训练深度学习模型，从小分子结构（SMILES）及实验条件（物种、给药途径、剂量）预测 PK 参数 | |
| 标签 |
| |
| 作者 | WECOMPUT | |
| 发布时间 | 2026-04-30 00:00:00 | |
| 参考文献 | ||
目录导航
- 简介
- 参数说明
- Input
- Species
- Route
- Dose
- Output
- Output SDF
- SMILES Column
- Species Column
- Route Column
- Dose Column
- 结果说明
Small Molecule PK Predictor
简介
基于 MolPK 模型的药代动力学（PK）参数批量预测工具。利用预训练深度学习模型，从小分子结构（SMILES）及实验条件（物种、给药途径、剂量）预测 PK 参数，支持多种输入格式和灵活的批处理场景。
核心技术
- MolPK 深度学习模型：基于分子表征学习预测药代动力学参数
- 多格式输入：支持 SMILES 文本、CSV 表格、SDF 结构文件
- 灵活批处理：支持单条预测和批量预测，自动识别 CSV 列名
- 双格式输出：同时输出 CSV 结果表和带 PK 属性的 SDF 结构文件
适用场景
- 药物筛选早期：快速评估候选分子的药代动力学性质
- 批量预测：对大型化合物库进行高通量 PK 参数预测
- 实验设计辅助：为体内实验提供剂量和物种选择的参考依据
参数说明
Input
输入的待预测文件，支持 .smi（SMILES 文本）、.csv（表格）或 .sdf（结构文件）格式。为必填参数。
Species
实验物种，可选值为 rat（大鼠）、mou（小鼠）、dog（犬）、hum（人）。用于指定 PK 预测对应的物种背景。
Route
给药途径，可选值为 iv（静脉注射）、po（口服）。不同给药途径对 PK 曲线有显著影响。
Dose
给药剂量，单位为 mg/kg。用于指定预测时对应的剂量条件。
Output
预测结果的 CSV 输出路径。默认输出为 pred_pk_value.csv。
Output SDF
带 PK 预测属性的 SDF 结构文件输出路径。默认输出为 pred_with_pk_value.sdf。
SMILES Column
当输入为 CSV 文件时，指定包含 SMILES 字符串的列名。
Species Column
当输入为 CSV 文件时，指定包含物种信息的列名。
Route Column
当输入为 CSV 文件时，指定包含给药途径信息的列名。
Dose Column
当输入为 CSV 文件时，指定包含剂量信息的列名。
结果说明
输出结果包括：
| 文件名 | 说明 |
|---|---|
pred_pk_value.csv |
预测的 PK 参数表格，包含每个分子的预测值及输入条件 |
pred_with_pk_value.sdf |
带 PK 预测属性的分子结构文件，可直接用于结构查看和进一步分析 |
输出的预测结果文件文件pred_pk_value.csv：
| 列名 | 说明 |
|---|---|
| _smi_line | 原始输入的 SMILES 行字符串（通常包含分子结构及附加标识信息） |
| SMILES | 分子的标准 SMILES 表示，用于描述化学结构 |
| Species | 实验物种（如 human、mouse、rat 等） |
| Route | 给药途径（如 IV、PO 等） |
| Dose (mg/kg) | 给药剂量，单位为 mg/kg |
| CL (mL/min/kg) | 清除率（Clearance），单位为 mL/min/kg，表示单位时间内药物从体内被清除的能力 |
| Vd (L/kg) | 表观分布容积（Volume of distribution），单位为 L/kg，反映药物在体内的分布范围 |
| AUC (ng·h/mL) | 曲线下面积（Area Under the Curve），单位为 ng·h/mL，表示药物暴露量 |
| T1/2 (h) | 半衰期（Half-life），单位为小时，表示药物浓度降低一半所需时间 |
