MD Dipole

简介

模块能够计算出动力学轨迹体系的总偶极矩以及其波动情况。通过这些数据，可以计算出例如低介电常数介质的介电常数。对于具有净电荷的分子，其净电荷会在分子质心处进行扣除。

参数说明

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2024)模块或者AlphaAutoMD (GMX2024)模块中获取。

System Group

选择需要计算的结构组别：Backbone，Protein，DNA，RNA，Complex。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。
注意：其中Complex指的是蛋白-小分子复合物体系。

Custom Resid

自定义需要计算的残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15。
注意：
1.使用该参数时必须指定完整分子的残基范围，不允许截断结构或遗漏残基。
2.残基编号参考system.gro文件

Custom Atom

自定义需要计算的原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15。
注意：
1.使用该参数时必须指定完整分子的残基范围，不允许截断结构或遗漏残基。
2.原子编号参考system.gro文件

Skip Time (ns)

每一帧的间隔时间（单位ns）

结果说明

输出结果包括：

其中aver.csv包括信息如下：

其中Mtot.csv包括信息如下：