Antibody-Antigen Complex Structure Score
简介
预测抗体-抗原复合物结构的DockQ值，进行结构质量评价。模块基于DeepRank-Ab模型实现，DeepRank-Ab是一种专为抗体 - 抗原界面独特特性量身定制的几何深度学习评分函数。该函数的开发得益于一个精心构建的基准数据集，该数据集包含来自 1442 个复合物的 230 多万个诱饵构象，为稳健训练和无偏评估提供了所需的多样性。在多个独立测试集（包括非结合态 - 非结合态对接模型和 AlphaFold 生成的结构）上，DeepRank-Ab 持续优于所有评估方法，包括 AF3、HADDOCK 以及 FTDMP 等最先进的评分函数。它将 AF3 的 Top 1 成功率提升了 35.5%，并将平均 Top 1 DockQ 值提高了一倍以上。DeepRank-Ab 还能稳健泛化到训练分布之外，在外部抗体 - 抗原 CAPRI 靶点上实现 100% 的 Top 5 成功率，超越了所有测试方法。这些结果共同表明，DeepRank-Ab 是一种高效的评分方法，显著提升了近天然抗体 - 抗原构象的识别能力。
参数说明
Structures
抗体/纳米抗体-抗原复合物结构文件，支持格式：.pdb、.cif、.pdb.gz、.cif.gz，支持批量结构，要求以压缩包形式输入，支持格式:.zip、.tar、.tar.gz、.tgz、.tar.bz2、.tbz2、.tar.xz、.txz
结果说明
输出deeprank_ab_result.csv，内容如下：
| Name |
Predicted DockQ |
| test1 |
0.20 |
| test2 |
0.17 |
| 字段 |
说明 |
| Name |
结构/样本标识符，PDB 名称。 |
| Predicted DockQ |
DeepRank-Ab 预测的 DockQ 分数（数值越高通常表示复合物对接质量越好；范围常见在 0–1）。 |
参考文献
