Protein Protonation

简介

Protein Protonation是蛋白质子化模块主要是预测每个蛋白残基的pKa并根据指定的pH值判断每个残基的质子化状态，同时还可以计算基于结构的等电点pI值。

参数说明

PDB File

蛋白的结构文件，PDB格式，该文件可以MD PDB Prepare模块提取得到。

pH

pH值，默认为7。

N terminal

N端残基质子化状态，只有charge和neutral两个选项，默认charge。

C Terminal

C端残基质子化状态，只有charge和neutral两个选项，默认charge。

Custom Residues

自定义残基质子化状态。例如：HIS90HIE HIS91HIP。
注：

• 这里的氨基酸序号为预处理后结构中的顺序编号，从 1 开始计数，并非原始 PDB 文件中给出的残基编号；
• 该功能仅支持输入单个 PDB 文件，不支持压缩包格式。

结果说明

输出结果包括：

pka_summary_{pdb_name}.csv 文件内容如下：

pi_summary.csv文件内容如下：

参考文献

• Olsson, Mats HM, Chresten R. Sondergaard, Michal Rostkowski, and Jan H. Jensen. “PROPKA3: consistent treatment of internal and surface residues in empirical pKa predictions.” Journal of Chemical Theory and Computation 7, no. 2 (2011): 525-537. DOI:10.1021/ct100578z