Protein Acid Stability

简介

计算蛋白的耐酸性指数，并统计蛋白整体及表面暴露的酸碱性残基及其比例，给出酸性残基集中的区域（Patchs）。
耐酸性指数(ASI)的计算公式为：
ASI = 0.6*碱性残基比例 + 0.3*疏水性残基比例 - 0.5*酸性残基比例

ASI取值范围在-0.5 ~ 0.6之间，越大表示耐酸性能力越强。
表面暴露残基定义为相对溶剂可及表面积(RSA)大于25%的残基。

参数说明

Structure

蛋白结构文件，PDB格式，支持批量，批量格式支持：.zip,.tar,.tar.gz,.tgz,.tar.bz2,.tbz2,.tar.xz,.txz. 目前最大支持1000个结构。

Output Summary

输出蛋白耐酸性指数及各类残基比例等，CSV格式，默认为acid_stability_summary.csv

Output Patch

输出酸性区域残基信息，CSV格式，默认为acid_sensitive_regions.csv

结果说明

蛋白耐酸性指数及各类残基比例结果文件acid_stability_summary.csv，包含内容如下：

酸性区域残基信息文件acid_sensitive_regions.csv