Antigen B-cell Epitope Prediction

简介

预测抗原中潜在的B细胞表位，及寻找两个抗原之间潜在相似残基。模块基于SEMA模型实现，其中表位预测工具融合了基于序列（SEMA-1D）和基于结构（SEMA-3D）的两种方法：

• SEMA-1D 模型集成了一组ESM2蛋白质语言模型；
• SEMA-3D 模型集成了一组预训练的蛋白质双模态SaProt模型。

两个模型均经过微调，用于预测氨基酸残基与免疫球蛋白Fab区的抗原相互作用倾向。此外，表位预测工具还包含一个基于一级序列预测N-糖基化位点的模型，该模型同样基于ESM2。
结合表位预测与相似性比对能够在两个抗原之间识别结构相似的表位，即便抗原整体相似度极低。该功能适用于比较不同病毒或细菌株的蛋白质，其底层神经网络在SaProt模型生成的嵌入向量上训练而成。

参数说明

Epitope-1D模式

Sequence

用于表位预测的蛋白序列，FASTA格式。最大支持100条序列。

Output

输出评分文件名，CSV格式，默认为result.csv

Epitope-3D模式

Structure

用于表位预测的蛋白结构，PDB格式。

Chain

指定进行表位预测的蛋白链名称，多链用英文逗号分隔，如：A,B。如不指定，表示全部链都进行预测。

Output

输出评分文件名，CSV格式，默认为result.csv

N-glycosylation模式

Sequence

用于N糖基化预测的蛋白序列，FASTA格式。最大支持100条序列。

Structure

用于N糖基化预测的蛋白结构，PDB格式。
注意：上述序列和结构，只能选择其一，否则会提示错误

Chain

上传结构时，指定进行预测的蛋白链名称，多链用英文逗号分隔，如：A,B。如不指定，表示全部链都进行预测。

Output

输出评分文件名，CSV格式，默认为result.csv

Comparison模式

Structure_1

用于比较局部结构相似性的第一个蛋白结构，PDB格式。

Chain_1

指定第一个蛋白用于比较的链名，多链用英文逗号分隔，如：A,B。

Structure_2

指定用于比较局部结构相似性的第二个蛋白结构，PDB格式。

Chain_2

指定第二个蛋白用于比较的链名，多链用英文逗号分隔，如：A,B。

Output

相似残基对的输出文件名，CSV格式，默认为result.csv。相似度值大于2.0时，表示两残基相似，相似度值越大表示残基对越相似。

结果说明

表位预测的打分文件result.csv，包含如下信息：

N糖基化预测的打分文件result.csv，包含如下信息

局部相似性比对结果文件result.csv，包含如下信息：

参考文献

• Shashkova, T.I., Umerenkov, D., Salnikov, M., Strashnov, P.V., Konstantinova A.V., Lebed, I., Shcherbinin, D.N., Asatryan, M.N., Kardymon, O.L., Ivanisenko, N.V. (2022). SEMA: Antigen B-cell conformational epitope prediction using deep transfer learning. Front. Immunol.DOI:10.3389/fimmu.2022.960985