Ligand Preparation (Meeko)

简介

Meeko是一个分子预处理工具，主要作用是对输入分子进行标准化和扩展，生成适合后续对接、虚拟筛选或机器学习的分子结构。支持uff, mmff94, mmff94s, espaloma力场

参数说明

Small Molecule File

小分子文件，支持Mol (.mol), SD (.sdf), SMILES (.smi )格式，支持单个或批量的小分子输入。

PH

根据指定的pH值（如 --ph 7.4），预测分子的质子化/去质子化状态，并在pH5–9范围内考虑其质子化异构体（protomer）和互变异构体（tautomer）。

Acidbase

默认枚举酸碱异构体，若选择该选项，则跳过酸碱异构体的生成。

Tautomers

默认枚举可能的互变异构体，若选择该选项，则跳过互变异构体的生成。

Ringfix

默认修复六元环的芳香化、张力结构等问题，若选择该选项，则跳过六元环的修复。

Gen3d

默认生成3D构象坐标，若选择该选项，则跳过3D坐标的生成，只保留2D。

Force Field

3D构象生成相关的参数，用于构象优化的力场，默认为MMFF94。

• UFF：Universal Force Field，通用但精度一般，速度快。
• MMFF94：Merck Molecular Force Field 94，适合小分子，精度较高。
• MMFF94s：mmff94 的简化版，稍快。

Name from Prop

将分子名称设置为来自SDF文件中小分子属性，如:SDF文件中<IDNUMBER>,可以输入IDNUMBER,作为小分子的名称，适合大批量的小分子输入。

Output File

输出文件名称，支持SDF和HDF5格式。

结果说明

输出结果为优化后的结构文件preprocessed.sdf,每个小分子末尾都会包含ScrubInfo,ScrubInfo包含如下信息: