MD DSSP

简介

蛋白二级结构残基数目计算。使用 DSSP 算法（即通过检测氨基酸残基之间特定的氢键模式）来确定蛋白质的二级结构。

参数说明

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run模块或者AlphaAutoMD模块中获取。

System Group

选择需要计算的结构组别：Backbone，Protein，DNA，RNA，Complex。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。
注：其中Complex指的是蛋白-小分子复合物体系。

Custom Resid

自定义需要计算的残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15。
参考md.gro的残基编号。

Custom Atom

自定义需要计算的原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15。

Skip Time (ns)

每一帧的间隔时间（单位ns）

结果说明

得到结果文件，每种类型的文件如果包含PNG、CSV以及XVG后缀，相同名称只是表现形式不同，数据一样