DockQ

简介

DockQ是一种用于评估预测的蛋白-蛋白复合物结构质量的工具和指标，它通过将三个相关但独立的质量测量指标（Fnat、LRMS和iRMS）组合成一个范围在0,1内的单个分数，来评估蛋白质对接模型的质量。DockQ的分数范围为0到1，分数越高表示模型质量越好。根据DockQ的分数，可以将对接模型的质量分为以下几类：

DockQ的计算公式如下：

其中：
Fnat：预测复合体在交界面上的作用残基在真实复合体中的比例。
LRMSD：将预测的复合体和真实复合体的两条链中较长的链比对后，较短链的均方根偏差（RMSD）。
iRMSD：度量界面上两个原子相距10 Å内的原子集合的RMSD。
LRMSD与iRMSD是经过缩放后的数值，缩放公式如下：

参数说明

Native

必填参数，用于DockQ计算的Native复合物结构，PDB格式，一般为实验解析的结构。

Model

必填参数，用于DockQ计算的Model复合物结构，PDB格式，一般为AI模型预测或者分子对接等得到的模拟结构。

Mapping

可选参数，指定Native结构与Model结构中的链对应关系。相对应的链名之间用逗号分隔，多组链对应时，组间用分号分隔，如：A,E;B,D;C,F表示：

• Native结构中的A链与Model结构中的E链对应。
• Native结构中的B链与Model结构中的D链对应。
• Native结构中的C链与Model结构中的F链对应。

注意：
1，设置该参数时，模块将根据设置的链对应关系来计算DockQ，如不设置该参数，模块会自动匹配所有有界面接触的两条链之间的对应关系，并计算匹配到的所有两条链的DockQ。
2，在特定场景中，计算DockQ时，可能希望合并某些链作为整体来考虑。比如抗原-抗体复合物中，希望将抗体的重、轻链作为一个整体，计算与抗原之间的DockQ值。这种情况，可以在指定mapping参数时，将需要合并的链名写在一起即可，比如C,F;AB,ED 表示：

• Native结构中的C链与Model结构中的F链对应。
• Native结构中的A链与B链作为一个整体，与Model结构中的E链D链作为整体，进行链对应（AB链之间的界面，ED链之间的界面不再单独考虑）。

Output

输出结果文件名称，默认为dockq_res.csv

结果说明

预测结果文件dockq_res.csv，包含以下信息：

参考文献

• Mirabello C, Wallner B. DockQ v2: improved automatic quality measure for protein multimers, nucleic acids, and small molecules. Bioinformatics. 2024 Oct 1;40(10):btae586; DOI: 10.1101/2024.05.28.596225