PPI Binding Energy & Contacts

简介

该模块结合界面接触特征与非相互作用表面（NIS）特征，用于预测蛋白-蛋白结合亲和力，并可输出接触界面的残基信息。模块基于PRODIGY模型，该模型通过线性回归利用界面接触点和NIS的物理化学性质来估算结合亲和力，这些性质已被验证对亲和力具有显著影响。

以下为亲和力的计算公式：

公式中的 ICsxxx/yyy 表示在相互作用的两个蛋白之间检测到的界面接触点数，xxx/yyy表示接触残基的类型（带电/极性/非极性等），例如 ICscharged/apolar 表示带电残基与非极性残基之间的接触点数量。若两个残基之间任意重原子的距离小于5.5 Å，则视为发生了接触。

该模型在81个复合物的数据集上进行了验证，预测亲和力与实验值之间的皮尔逊相关系数为0.73（p < 0.0001），均方根误差（RMSE）为1.89 kcal/mol。

参数说明

Structure

蛋白复合物的结构文件，格式支持 .pdb 或 .cif。支持多个复合物结构打包进行批量预测，压缩格式支持 .tar、.tar.gz 或 .zip。注意：支持最大结构文件数量为1000

Group

用于将结构中的多个链组合为组，组内链作为整体，仅计算组与组之间的结合亲和力。组合格式为：组内链名用逗号分隔，组与组之间用分号分隔。
示例：H,L;A 表示将链 H 和 L 作为一组，链 A 作为另一组，计算这两组之间的亲和力。

注意：

1. 若不设置该参数，则默认对结构中发生接触的所有链一起计算亲和力。
2. 在进行抗体-抗原亲和力计算时，应将抗体的重链与轻链合并为一个整体（即为一组），并与抗原链之间计算亲和力。

Contacts

输出链间接触界面的残基对信息。

Output

预测结果文件名，默认值为 prodigy_output.csv。

Output_CRP

接触界面残基对的结果文件名，默认值为 contacts.txt。

结果说明

预测结果文件 prodigy_output.csv 包含以下信息：

可选接触界面结果文件 Contacts.txt，每行记录一个接触残基对，包含残基名称、编号及所在链名。

若启用批量模式，在设置contacts参数后，将给出打包文件：

• contacts.tar.gz：接触残基对结果

参考文献

Xue LC, Rodrigues JP, Kastritis PL, Bonvin AM, Vangone A. PRODIGY: a web server for predicting the binding affinity of protein-protein complexes. Bioinformatics. 2016 Dec 1;32(23):3676–3678.