GMX Metadynamics Generation

简介

GMX Metadynamics Generation模块是生成可用于Metadynamics模拟的输入文件。

参数说明

GRO File

提交模拟体系的gro文件。该文件可以从MD Solvation模块获取。

PBC

Metadynamics模拟阶段是否考虑周期性边界条件，yes或者no。

CV Group1

组成集合变量CV的第一个组所包含的原子。

CV Group2

组成集合变量CV的第二个组所包含的原子。

CV Group3

组成集合变量CV的第三个组所包含的原子。

CV Group4

组成集合变量CV的第四个组所包含的原子。
备注：

• Group1和Group2组成DISTANCE集合变量，Group1，Group2和Group3组成ANGLE集合变量，Group1,Group2,Group3和Group4组成TORSION集合变量
• Group的书写规则：a5表示GRO文件中第5个原子，a5-10表示GRO文件中第5-10个原子，aCA表示GRO文件中名字为CA的原子，同理r5, r5-10, rASP分别表示GRO文件中第5位残基，第5-10位残基和名字位ASP的残基，一些特殊的字符如Protein，Protein-H, MainChain等亦可使用，也可以合并使用，但需用逗号隔开，如"a5-10,r5,r8-10,UNK"表示GRO文件中第5-10位原子、第5位残基、第8-10位残基以及名字叫UNK的分子
• 多个CV的处理方式：如果要定义多个集合变量，则在Group定义中用"//"将不同集合变量对应的原子组进行分割，如a5//r5-10表示a5是第一个集合变量对应的原子组，r5-r10是第二个集合变量对应的原子组，当集合变量在某个Group没有对应的原子组时，用none表示，比如第一个集合变量是DISTANCE，第一个集合变量是ANGLE,那么第一个DISTANCE集合变量在Group3中没有对应的原子组，此时在Group3可以写none//r5-10,表示第一个集合变量在Group3中没有对应的原子组，而第二个集合变量在Group3中对应的原子组为r5-10

Component

集合变量DISTANCE对应的成分，其成分有x，y，z和xyz，分别表示计算DISTANCE仅考虑x，y，z维度以及xyz三个维度都考虑，有多个集合变量时用"//"进行分割。

Metad Height

施加的沉积高斯函数的高度，默认1.0

Metad Width

施加的沉积高斯函数的宽度或者标准差，有多个集合变量时用"//"进行分割，默认0.05

Metad Frequency

施加的沉积高斯函数的频率，默认500，即每500个时间步长进行一次高斯函数沉积

CV Min

集合变量的边界最小值，有多个集合变量时用"//"进行分割。无默认值时即不考虑边界，此时计算量会增加，强烈建议设置边界。

CV Max

集合变量的边界最大值，有多个集合变量时用"//"进行分割，无默认值时即不考虑边界，此时计算量会增加，强烈建议设置边界。

CV Space

集合变量的窗口大小，有多个集合变量时用"//"进行分割，默认等于metad_width的1/5

CV Bin

集合变量的窗口数量，有多个集合变量时用"//"进行分割，默认等于150，CV Space和CV Bin的相乘等于CV Max和CV Min的差值，因此当CV Space和CV Bin同时设置时以对应窗口数最多的为准

Adaptive

是否考虑施加自适应沉积函数, geom或者diff，默认为不填，即不考虑自适应。

Sigma Min

施加的自适应高斯函数的宽度或者标准差的最小值，有多个集合变量时用"//"进行分割，默认等于0。

Sigma Max

施加的自适应高斯函数的宽度或者标准差的最大值，有多个集合变量时用"//"进行分割，默认等于0。

Reweight

是否考虑重加权以获得重加权因子，对获得归一化偏势，yes或者no，默认no，即不考虑重加权，一般在体系收敛后才考虑重加权。

Reweight Ngauss

计算重加权因子时施加的高斯函数的个数，默认等于50。

Reweight Bin

计算重加权因子时集合变量的窗口数量，其值不能小于CV Bin的值，有多个集合变量时用"//"进行分割，默认等于CV Bin。

Well Tempered

是否考虑回火metadynamics模拟，yes或者no。

Temperature

回火metadynamics模拟时对应的基础温度，默认等于300K

Bias Factor

回火Metadynamics模拟时对应的偏置因子，其值等于(T+deltaT)/T，默认等于1，此时未进行偏置模拟，若进行偏置模拟，偏置因子应大于1

TAU

回火Metadynamics模拟时对应的施加的沉积高斯函数的高度，Height=kbDeltaTFrequency*TimeStep/TAU，默认等于0，即直接使用设置的沉积函数的高度代替。

Step

Metadynamics模拟时指定的输出步长，默认100。

Gauss File

Metadynamics模拟时指定的沉积高斯函数的输出文件名。

CV File

Metadynamics模拟时指定的集合变量的输出文件名。

PLUMED Index File

Metadynamics模拟时指定的CV Group的输出文件名，该文件中包含所有的CV Group的原子组，用于下一步Metadynamics的输入文件。

PLUMED Data File

Metadynamics模拟时指定的参数的输出文件名，该文件中包含计算时所需的参数，用于下一步Metadynamics的输入文件。

结果说明

输出结果包括：

上述两个生成的文件将作为下一步metadynamics模拟的输入文件。