Free Energy Surface Analysis

简介

Free Energy Surface Analysis模块是对基于PLUMED元动力学模拟后得到的模拟结果进行自由能计算。

参数说明

Input File

基于PLUMED元动力学模拟后输出的沉积高斯函数文件，默认为HILLS.dat文件。

Histogram

对沉积高斯函数文件进行自由能计算时是否考虑直方图分布方法，yes或者no，默认no。

Sigma

当考虑直方图分布方法时高斯函数的宽度值，有多个集合变量(即CV)时用"//"进行分割，比如0.35//0.35。只有当Histogram值为no时Sigma参数才会生效，当有多个CV而只设置了一个宽度值时，则表示该宽度值适用于所有CV。默认0.05。

CV Name

CV名称，对沉积高斯函数文件进行自由能计算时只考虑该指定的CV。当不指定CV时则考虑沉积高斯函数文件中包含的所有CV，当指定CV时则不能考虑直方图分布方法。

CV Min

集合变量的边界最小值，有多个集合变量时用"//"进行分割，比如0.1//0.3，强烈建议设置边界。当有多个CV而只设置了一个边界最小值时，则表示该最小值适用于所有CV。

CV Max

集合变量的边界最大值，有多个集合变量时用"//"进行分割，比如0.1//0.3，强烈建议设置边界。当有多个CV而只设置了一个边界最大值时，则表示该最大值适用于所有CV。

Grid Size

集合变量的窗口大小，有多个集合变量时用"//"进行分割，比如0.1//0.3。仅当设置了CV Min和CV Max值时，Grid Size才会生效。当有多个CV而只设置了一个窗口大小值时，则表示该窗口大小值适用于所有CV。

Bin

集合变量的窗口数量，有多个集合变量时用"//"进行分割，比如150//300。仅当设置了CV Min和CV Max值时，Bin才会生效。当有多个CV而只设置了一个窗口数量值时，则表示该窗口数量值适用于所有CV。Grid Size和Bin相乘等于CV Max和CV Min的差值，因此当Grid Size和Bin同时设置时以对应窗口数最多的为准。

Temperature

温度，对沉积高斯函数文件进行自由能计算时使用的温度值，默认300K

Min to Zero

是否对输出的自由能数据进行归零处理，即将自由能数据进行相对移动以保证最小值移动到0的位置，yes或者no，默认no。

Stride

沉积高斯函数的数量，在对沉积高斯函数文件进行自由能计算时，每隔该指定的沉积高斯函数的数量进行一次自由能计算。当不设置该数量值时表示对所有的沉积高斯函数在整体上只进行一次自由能计算。

Output File

输出结果文件，文件中包含随CV变化的自由能数据，默认为FES.csv文件。当指定了Stride值时，默认文件为FES.dat.tar.gz。

结果说明

输出结果包括：