MD Clustering (v2)

简介

MD Clustering是对动力学轨迹进行归簇分析。

参数说明

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2023)模块或者AlphaAutoMD (GMX2023)模块中获取。

Cutoff

聚类时结构的RMSD截断值(nm)

Cluster Method

聚类算法：linkage, jarvis-patrick, monte-carlo, diagonalization, gromos， 默认使用gromos算法。

System Group

选择需要计算的结构组别：Backbone，Protein，DNA，RNA，Complex。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。
注：其中Complex指的是蛋白-小分子复合物体系。

Custom Resid

自定义需要计算的残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15

Custom Atom

自定义需要计算的原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15

Skip Time (ns)

每一帧的间隔时间（单位ns）

结果说明

输出结果包括：