MD Hbond (v2)

简介

MD Hbond模板对于指定组别之间的氢键分析。

参数说明

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2023)模块或者AlphaAutoMD (GMX2023)模块中获取。

System Group1

选择需要计算的氢键组别1：Protein，DNA，RNA。如果两个组相同则分析的是组内氢键。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。

System Group2

选择需要计算的氢键组别2：Protein，DNA，RNA。如果两个组相同则分析的是组内氢键。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。

Custom Resid1

自定义需要计算的组1残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15

Custom Atom1

自定义需要计算的组1原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15

Custom Resid2

自定义需要计算的组2残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15

Custom Atom2

自定义需要计算的组2原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15

Skip Time (ns)

每一帧的间隔时间（单位ns）

结果说明

输出结果包括：

其中hbnum.csv包括信息如下：