MD Trajectory (v2)

简介

可根据起始帧数、结束帧数以及间隔帧数对平衡模拟进行轨迹提取，从而将其转换为GRO或者PDB轨迹文件。

参数说明

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run模块或者AlphaAutoMD模块中获取。

Type

文件输出类型：GRO或者PDB。

Water

输出文件是否保留水盒子。

Start Time (ps)

起始位置（单位ps）。

End Time (ps)

结束位置（单位ps）。

Skip Time (ps)

间隔时间，单位ps。

Index File

索引文件，ndx格式。对于膜体系的轨迹提取是必填项。

Keep Heterogens

是否保留体系中的溶剂（Water以及Ion）：不保留（none），都保留（all），指定保留溶剂范围（specify）。

Specify Heterogens

指定需要保留的特殊组别如：水（Water），离子（Ion）；或者指定保留组别的范围，规定格式为：需要保留的溶剂组别（Water或者Ion）:限定距离（单位Å）:目标组别，中间使用冒号（:）进行分隔，例如Water:3:ligand。
注：组别名称可以通过MD Solvation模块的index文件查询；若目标组别是小分子，可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称，多个小分子可填写ligand表示。

结果说明

输出结果包括：

参考文献

GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. M. J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl, SoftwareX, 1, (2015), 19-25.