MD Gyration (v2)

简介

MD Gyration回旋半径分析，可用来衡量体系模拟时的质权平均半径。

参数说明

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2023)模块或者AlphaAutoMD (GMX2023)模块中获取。

System Group

选择需要计算的结构组别：Backbone，Protein，DNA，RNA，Complex。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。
注：其中Complex指的是蛋白-小分子复合物体系。

Custom Resid

自定义需要计算的残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15

Custom Atom

自定义需要计算的原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10，15。

Skip Time (ns)

每一帧的间隔时间（单位ns）

Index File

索引文件，格式为ndx

结果说明

输出结果包括：

其中gyrate.csv包括信息如下：