MD Distance (v2)

简介

MD Distance是针对分子动力学轨迹的距离分析模块，输出两个组之间距离 (质心距离或几何中心距离) 随时间的变化情况。自定义组别时需要注意，如果只需测量两个原子之间的距离则填写Custom Atom1和Custom Atom2即可；当同时填写Custom Resid1和Custom Atom1时，组别1的原子数是Custom Atom1与Custom Resid1交集的原子。

参数说明

System Group

计算两个组之间距离 (质心距离或几何中心距离) 随时间的变化情况。

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2024)模块或者AlphaAutoMD (GMX2024)模块中获取。

System Group1

选择需要计算的组别1：Protein，DNA，RNA。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。

System Group2

选择需要计算的组别1：Protein，DNA，RNA。
可以根据PDB中小分子的名称填写组别名称。

Distance Type

距离计算方式分为两种：质心距离（mass）和几何中心距离（geometry）。

Skip Time (ns)

每一帧的间隔时间（单位ns）。

Custom Group

自定义组别，如果只需测量两个原子之间的距离则填写Custom Atom1和Custom Atom2即可；当同时填写Custom Resid1和Custom Atom1时，组别1的原子数是Custom Atom1与Custom Resid1交集的原子。

Path File

MD模拟后得到的路径文件，可以在GMX MD Run (GMX2024)模块或者AlphaAutoMD (GMX2024)模块中获取。

Custom Resid1

自定义需要计算的组1残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15。自定义组别之间是并集。

Custom Atom1

自定义需要计算的组1原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续原子用逗号隔开，例如：1-10,15。自定义组别之间是并集。

Custom Chain1

自定义需要计算的组1的链名称，例如A。

Custom Resid2

自定义需要计算的组2残基编号，连续参数可用“-”表示，不连续残基用逗号隔开，例如：1-10,15。自定义组别之间是并集。

Custom Atom2

自定义需要计算的组2原子编号，连续参数可用“-”表示，不连续原子用逗号隔开，例如：1-10,15。自定义组别之间是并集。

Custom Chain2

自定义需要计算的组2的链名称，例如B。

Distance Type

距离计算方式分为两种：质心距离（mass）和几何中心距离（geometry）。

Skip Time (ns)

每一帧的间隔时间（单位ns）。

结果说明

输出结果包括：

其中dist.csv包括信息如下：