GMX MD Run (GMX2024)
简介
提交GROMACS对应文件，从而进行分子动力学模拟，得到平衡模拟后得到的轨迹文件。
参数说明
GRO File
提交模拟体系的gro文件。该文件可以从MD Solvation或者Membrane Solvation模块获取。
Topology File
提交模拟体系的top文件。该文件可以从MD Solvation或者Membrane Solvation模块获取。
ITP File
提交模拟体系的itp文件。该文件可以从MD Solvation或者Membrane Solvation模块获取。
Minimize MDP File
提交进行最小化的参数化文件，文件格式为mdp。可以根据GMX MDP Generation模块的Minimization方法或者**GMX MDP Generation (Auto)**生成。
NPT MDP File
提交进行等压等温的参数化文件，文件格式为mdp。可以根据GMX MDP Generation模块的NPT方法或者**GMX MDP Generation (Auto)**生成。
MD MDP File
提交进行平衡模拟的参数化文件，文件格式为mdp。可以根据GMX MDP Generation模块的MD方法或者**GMX MDP Generation (Auto)**生成。
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 |
说明 |
| md.cpt |
md模拟断点文件 |
| md.gro |
md的分子坐标文件 |
| md.log |
md记录文件 |
| md.tpr |
md模拟所需的所有初始化数据（分子拓扑、初始结构等） |
| mini.gro |
mini运行的分子坐标文件 |
| mini.log |
mini运行记录文件 |
| mini.tpr |
mini模拟运行所需的所有初始化数据（分子拓扑、初始结构等） |
| npt.gro |
npt的分子坐标文件 |
| npt.log |
npt记录文件 |
| npt.tpr |
npt模拟所需的所有初始化数据（分子拓扑、初始结构等） |
| path.txt |
模拟轨迹文件存储路径，可用于后续分析模块的Path File输入。 |
参考文献
GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. M. J. Abraham, T. Murtola, R. Schulz, S. Páll, J. C. Smith, B. Hess, E. Lindahl, SoftwareX, 1, (2015), 19-25.
