Evaluate Nucleic Acid (AlphaRNA)
简介
Evaluate Nucleic Acid (AlphaRNA)模块用于评估核酸序列的其表达量和半衰期、抗体滴度等。支持人、小鼠、大鼠、猪等种属。
参数说明
Nucleic Acid Sequence
核酸序列，长度必须为3的倍数，否则截断尾部序列以达到3的倍数序列，比如：GGAGCCGAGGCGGGCCGATTCACGATCGGTTCGCAAAAACTGTTTGGG
Specis
序列所属物种，Homo_Sapiens、Mamalian、Pig、Rat。
结果
输出结果文件为result.csv，包含信息如下：
| 字段名称 |
说明 |
| AUP |
AUP (Amino Acid Usage Pattern)指的是氨基酸使用模式的指标，通常用于评估特定氨基酸在序列中的使用频率。值越高，表示该氨基酸在序列中使用的频率越高。 |
| CAI |
CAI (Codon Adaptation Index)是一个用于评估特定基因的密码子使用偏好度的指标，值范围从 0 到 1。接近 1 表示该基因的密码子使用模式与高表达基因的模式相似，通常与基因表达效率相关。 |
| GCR |
GCR (Gene Codon Ratio)是基因密码子比率的指标，反映了基因中不同密码子的相对使用情况。值越高，表示基因中使用的密码子与参考密码子库的偏好越一致。 |
| MFE |
MFE (Minimum Free Energy)是指核酸序列的最低自由能，通常用于评估 RNA 二级结构的稳定性。值越低表示结构越稳定。负值表示该序列在折叠时释放能量，形成稳定的构象。 |
| Aug Positions |
Aug Positions表示在序列中发现的AUG（起始密码子）的位置。结果空时表示在序列中没有找到AUG密码子。 |
| Sequence |
根据输入的核酸序列翻译得到的氨基酸序列。 |
| Secondary Structure |
RNA序列的预测二级结构。 |
