TCR-pMHC Complex Structure Prediction

简介

细胞免疫系统是人体免疫的重要组成部分，它使用 T 细胞受体 (TCR) 识别由主要组织相容性复合体 (MHC) 蛋白呈递的肽形式的抗原蛋白。准确定义TCR的结构基础及其与肽-MHC的结合可以为正常和异常免疫提供重要见解，并有助于指导疫苗和免疫疗法的设计。鉴于实验确定的TCR-肽-MHC结构数量有限，而每个个体内的TCR以及抗原靶标数量巨大，因此需要准确的建模方法。该模块基于TCRmodel2实现，TCRmodel2在AlphaFold基础上对TCR-肽-MHC复合物建模做了优化，与原生AlphaFold和其他基于基准测试的TCR-肽-MHC复合物建模方法相比，其准确度相似或更高，可在30分钟内完成复合物结构预测。

参数说明

TCR α

TCR α链的序列，如：AQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLLIQSSQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYLCAVTNQAGTALIFGKGTTLSVSS

TCR β

TCR β链的序列，如：NAGVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCSQDMNHEYMSWYRQDPGMGLRLIHYSVGAGITDQGEVPNGYNVSRSTTEDFPLRLLSAAPSQTSVYFCASSYSIRGSRGEQFFGPGTRLTVL

Peptide Sequence

多肽序列，如：LAWEWWRTVAL
注：输入的多肽序列长度需要符合相应要求，如下：
I型TCR-pMHC复合物中，多肽的序列长度在8-15之间；
II型TCR-pMHC复合物中，多肽的长度为11。

MHC(I or II α)

MHC-I型序列或MHC-II α链序列。
当预测I型TCR-pMHC复合物时，输入MHC-I型序列，如：SHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDGRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLH
当预测II型TCR-pMHC复合物时，输入MHC-II α链序列，如：IKADHVSTYAAFVQTHRPTGEFMFEFDEDEMFYVDLDKKETVWHLEEFGQAFSFEAQGGLANIAILNNNLNTLIQRSNHTQAT

MHC II β

MHC-II β链序列，当预测II型TCR-pMHC复合物时才需要输入，如：PENYLFQGRQECYAFNGTQRFLERYIYNREEFARFDSDVGEFRAVTELGRPAAEYWNSQKDILEEKRAVPDRMCRHNYELGGPMTLQR

结果说明

输出结果包括：

其中scores.csv包含如下信息：

参考文献

Yin R, Ribeiro-Filho HV, Lin V, Gowthaman R, Cheung M, Pierce BG. TCRmodel2: high-resolution modeling of T cell receptor recognition using deep learning. Nucleic Acids Res. 2023 Jul 5;51(W1):W569-W576.