Disulfide Bond Search

简介

Disulfide Bond Search模块计算蛋白质中潜在的二硫键位置，这对优化蛋白质的稳定性有所作用。二硫键作为对蛋白质的稳定性有极大的作用，但是加入不合理的二硫键也会容易引起聚集，表达量降低甚至错误折叠等不利影响。

参数说明

Structure PDB File

在使用 PDB 格式的蛋白质结构文件时，如果其中存在缺失残基，请务必先通过Structure Preparation模块进行补全。若缺失未补全，直接输入可能导致报错。

Chain

指定需要设计的链，多条链用逗号分割，例如：A,B。

Position

设置氨基酸序号，当参数Chain设置为A,C时，此参数如果设置为1 2 3 4 5 6 7 8 23 25, 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 40意味着对A中的残基1 2 3…25和链C中的残基10 11 12…40进行设计。如果不填，则该链的所有残基都参与设计。
注意：这里的氨基酸序号是从1开始，而不是PDB文件中带有的氨基酸序号。同一条链的氨基酸序号用空格分隔，不同链的氨基酸用逗号分隔。

Interchain

是否只选择链间的二硫键。

Distance

可设置Cβ之间的距离，默认5.0Å。

结果说明

输出结果包括：