Pocket Finder
简介
Pocket Finder模块基于几何特性和物理化学特性来识别这些口袋，其主要功能是快速、准确地识别蛋白质表面的潜在口袋。蛋白质口袋（或活性位点）是蛋白质表面的小区域，通常是药物分子或其他小分子结合的地方。识别这些口袋对于药物设计和蛋白质功能研究至关重要。
参数说明
Structure PDB File
蛋白的结构文件，PDB格式。
Minimum Radius
最小alpha球的半径。
Maximum Radius
最大alpha球的半径。
Distance Threshold
距离阈值聚类算法
Clustering Method
用于将Voronoi顶点分组的聚类方法：
s是单链接聚类（single linkage clustering）。m是完全链接聚类（complete linkage clustering）。a是平均链接聚类（average linkage clustering）。c是质心链接聚类（centroid linkage clustering）。
Clustering Measure
聚类的距离度量方法：
e是欧几里得距离（euclidean distance）。b是曼哈顿距离（Manhattan distance）。
Minimum Number
每个口袋的最小alpha球数量。
结果说明
输出结果包括：
| 输出文件名称 |
说明 |
| pocket_properties.csv |
口袋信息CSV文件 |
| pockets.tar.gz |
蛋白分析后得到的PDB文件压缩包 |
| pocket*_atm.pdb |
分别输出所有口袋的PDB（原子）文件格式 |
其中pocket_properties.csv包含如下信息：
| 字段名称 |
说明 |
| Pocket |
口袋顺序 |
| Score |
口袋综合得分，考虑了口袋的大小、形状和疏水性等因素。打分越高说明口袋更好，更有可能在生物学上具有相关性或适合药物结合。 |
| Druggability Score |
评估口袋结合药物分子的潜力，打分越高说明口袋药物可及性越高。 |
| Total SASA |
口袋可被溶剂分子接触的总表面积，单位为平方埃Ų；SASA较大，可容纳配体结构越大。 |
| Polar SASA |
总SASA中的极性部分，表示可被水分子接触的表面积。反映了口袋的亲水性。 |
| Apolar SASA |
总SASA中的非极性部分，表示不可被水分子接触的表面积。反映了口袋的疏水性。 |
| Volume |
口袋的体积，单位为ų。较大的体积表示口袋较大，能够容纳更大的配体或多个结合位点。 |
Pocket Finder与分子对接（WeView-Dock）联用教程
- 在Pocket Finder中上传蛋白结构，预测对接口袋。
- 任务完成，打开pocket01_atm.pdb文件，跳转至WeView。
- 同时在WeView中上传蛋白的pdb文件。
- 进入对接程序，设置配受体文件，在Define Site时点击Selected。
- 选择整个Pocket作为对接口袋，获得对接中心坐标，口袋大小可按需调整
- 提交对接任务。
参考文献
