Structure Comparison (US-align)

简介

进行蛋白或核酸的结构比对，支持单体或异源寡聚体。使用US-align工具实现。输出TM-score，RMSD等衡量结构相似性的指标。可比对序列不一致的蛋白或核酸结构。

参数说明

PDB1

用于结构比对的第一个结构，支持批量结构，批量格式支持：.zip,.tar,.tar.gz,.tgz,.tar.bz2,.tbz2,.tar.xz,.txz ，当前最大支持1000个结构。

PDB2

用于结构比对的第二个结构，定义同上。

注意：结构比对会将PDB1中的所有结构与PDB2中的所有结构进行两两比对。

Chain Mapping

指定结构中进行叠合的链，格式为：文件名：链名1,链名2，每行定义一个结构的链信息。示例如下：

结构名称1：A,B
结构名称2：C,D

表示结构1中的A链与结构2中的C链进行叠合比对，B链与D链进行叠合比对。
为了方便统一定义所有结构的叠合链，支持只输入逗号分隔的链名列表或链顺序列表，如：A,B或者1,2，前者表示所有结构中都用A,B链进行叠合，后者表示所有结构中都使用第一和第二条链进行叠合。
若结构1与结构2共有链C，输入共有链名（如：C）或其位置索引（如：3）。若抗原为第三条链，填写C或3均可将其作为基准进行叠合。
注意：结构比对会将PDB1中的所有结构与PDB2中的所有结构进行两两比对。

Output

比对结果文件，CSV格式，默认为align_results.csv。
叠合的结构文件，默认为aligned_pdbs.tar.gz

结果说明

输出结构比对结果文件align_results.csv，包含信息如下：

参考文献

• Chengxin Zhang, Morgan Shine, Anna Marie Pyle, Yang Zhang. US-align: Universal Structure Alignment of Proteins, Nucleic Acids and Macromolecular Complexes. Nature Methods, 19: 195-204 (2022).DOI:10.1038/s41592-022-01585-1