Protein-Protein Interaction Network (STRING)
简介
检索成对的蛋白-蛋白相互作用(PPI)，基于STRING蛋白互作网络数据库，包含蛋白直接物理作用的互作关系以及间接作用的互作关系。
参数说明
Protein List
蛋白名称列表文件，TXT格式，一行一个蛋白名称
Cutoff
蛋白-蛋白关联性打分的截断值，0~1之间，只导出combined_score为截断值以上的蛋白-蛋白相互作用数据。
Related Protein
是否输出相关蛋白;
Yes：代表输出与输入蛋白相关的蛋白
No：代表只输出输入蛋白之间存在的相互作用
结果说明
输出蛋白-蛋白相互作用文件string_interactions.tsv，每一列说明如下：
| 列名 |
说明 |
| node1 |
节点1的蛋白名称 |
| node2 |
节点2的蛋白名称 |
| node1_string_id |
节点1在STRING数据库中标准ID |
| node2_string_id |
节点1在STRING数据库中标准ID |
| neighborhood_on_chromosome |
基于基因组邻近性预测的相互作用得分。 |
| gene_fusion |
基于基因融合事件预测的相互作用得分。 |
| phylogenetic_cooccurrence |
基于共同出现（共现性）预测的相互作用得分。 |
| homology |
蛋白之间的同源性。 |
| coexpression |
基于共同表达（共表达）预测的相互作用得分。 |
| experimentally_determined_interaction |
基于实验数据（例如，酵母双杂交实验）预测的相互作用得分。 |
| database_annotated |
基于已知数据库信息预测的相互作用得分。 |
| automated_textmining |
基于文本挖掘预测的相互作用得分。 |
| combined_score |
综合所有上述信息计算得到的综合得分。 |
参考文献
