Structure Preparation

简介

蛋白结构处理模块，用于补全缺失原子和残基，以及蛋白氨基酸残基的质子化判断以及加氢操作。采用pdbfixer补全缺失，采用propka3进行质子化判断。

参数说明

Structure File

蛋白的结构文件，PDB格式

Chains

提取指定链处理，默认all，代表选择全部链，输入链名，多条链用英文逗号隔开，如A,B表示从PDB文件中提取A，B链进行结构处理。注意链名之间不要用空格。

Delete Heterogens

删除非标准蛋白或核酸残基，如水、离子、以及其他PDB中HETATM记录。
all：表示删除所有HETATM记录，包括水、离子、小分子等；
water：表示仅删除水；
ions：表示仅删除离子，默认为NA,CL；
custom：表示需要删除其他定制的残基名称，由Custom Heterogens参数指定。
Heterogens详细介绍可参考：https://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format23/sect4.html

Custom Heterogens

自定义Heterogens的残基名称，多个用英文逗号分隔，如ZN,MG

Delete Hydrogens

删除氢原子，Yes表示删除，No表示不删除。

Add

添加缺失的重原子或者残基。
heavy：表示添加缺失重原子
residues：表示添加缺失残基，默认也会添加缺失的原子

Protonation

是否进行质子化判断并添加氢原子，采用propka方法进行蛋白残基的质子化判断。
Yes：代表根据质子化判断结果进行加氢操作，
No：代表不加氢处理

pH

用于蛋白质子化状态判断的pH值。

Naming Scheme

输出PDB文件中残基和原子的命名方式。
PDB：标准氨基酸格式，如组氨酸为HIS；
AMBER：AMBER格式，如组氨酸为HID/HIE/HIP；
CHARMM：CHARMM格式，如组氨酸为HSE/HSD/HSP。

Prepared Structure

输出的处理后的蛋白结构文件，PDB格式。默认文件名为：prepared_structure.pdb。

结果说明

输出处理好的结构文件，PDB格式。文件中的原子和残基类型按照指定Naming Scheme方法。

参考文献

• Olsson, M. H. M.; Søndergaard, C. R.; Rostkowski, M.; Jensen, J. H. PROPKA3: Consistent Treatment of Internal and Surface Residues in Empirical pKa Predictions. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7 (2), 525–537. https://doi.org/10.1021/ct100578z.
• https://github.com/jensengroup/propka
• https://github.com/openmm/pdbfixer