Electrostatic Potential Calculation (APBS)

简介

静电势（ESP，electrostatic potential）表面是指在分子周围某个曲面上静电势的分布，通过静电势对蛋白质表面着色有助于识别带电分子或极性分子的结合位点。正电位区域与负电荷互补，而负电位区域与正电荷互补。蛋白质静电势对于蛋白质的稳定性、折叠、酶催化、蛋白质间相互作用以及与其他分子的结合等方面起着关键作用。APBS(Adaptive Poisson-Boltzmann Solver )是业界著名的计算生物大分子结构静电势能的工具。

参数说明

PDB File

蛋白结构文件，PDB格式

Output Format

输出文件格式，支持DX或者CUBE

结果说明

输出静电势能结果文件potential.dx或者potential.cube，用于将静电势能渲染到蛋白表面上。

参考文献

• Jurrus E, et. al. Improvements to the APBS biomolecular solvation software suite. Protein Sci, 27 (1), 112-128, 2018. https://doi.org/10.1002/pro.3280
• Vascon, F, et. al. Protein Electrostatics: From Computational and Structural Analysis to Discovery of Functional Fingerprints and Biotechnological Design. Comput. Struct. Biotechnol. J. 2020, 18, 1774–1789. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.06.029.