Protein Structure Prediction (RaptorX-Single)

简介

该模块基于RaptorX-Single算法实现，RaptorX-Single是一种基于单一序列的蛋白质结构预测方法，无需multiple sequence alignment(MSA)信息。它集成了多个蛋白质语言模型和一个结构生成模块，研究结果表明，RaptorX-Single除了比AlphaFold2等基于MSA的方法运行得更快之外，在预测抗体结构、极少同源序列的蛋白和单突变效应方面也优于AlphaFold2和其他无MSA的方法。当预测的蛋白序列有大量同源序列时，RaptorX-Single的预测结果也优于AlphaFold2。
RaptorX-Single的神经网络架构：

对抗体结构预测精度比较：

参数说明

Sequence File

普通蛋白或抗体序列文件（不超过1000个氨基酸），FASTA格式，如：
>Nb21
MAQVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAVSGLGAHRVGWFRRAPGKEREFVAAIGANGGNTNYLDSVKGRFTISRDNAKNTIYLQMNSLKPQDTAVYYCAARDIETAEYTYWGQGTQVTVS

注意：

只支持预测单链蛋白或抗体，如果FASTA文件有多条链，每条链会单独预测为一个PDB结构。

Model for Prediction

选择预测结构时使用的模型，有两个模型可供选择：
protein表示蛋白模型，对应RaptorX-Single-ESM1b-ESM1v-ProtTrans.pt；
antibody表示抗体模型，对应RaptorX-Single-ESM1b-ESM1v-ProtTrans-Ab.pt。
如果预测蛋白，请选择前者，如果预测抗体，请选择后者

结果说明

输出结果包括：

参考文献

RaptorX-Single: exploring the advantage of single sequence based protein structure prediction. Xiaoyang Jing, Fandi Wu, Jinbo Xu. bioRxiv 2023.04.24.538081
https://doi.org/10.1101/2023.04.24.538081