Immune Protein Structure Prediction (ImmuneBuilder2)

简介

Immune Protein Structure Prediction模块是基于ImmuneBuilder的免疫蛋白结构预测模块。ImmuneBuilder是一组深度学习模型，可以准确预测抗体（ABodyBuilder2）、纳米抗体（NanoBodyBuilder2）和T细胞受体（TCRBuilder2）的结构；ImmuneBuilder生成的结构精度高，同时比AlphaFold2快得多。

参数说明

Immune Protein Sequence File

抗体、纳米抗体或者TCER的序列文件，FASTA格式。
支持多条序列一次性计算，相应的序列顺序需满足以下要求：
对于抗体序列，每个抗体的重、轻链为一组，相邻放置即可（先后顺序没有要求），示例如下：

>seq1.H
xxxxxxxxxxxx
>seq1.L
xxxxxxxxx
>seq2.H
xxxxxxxxxxxx
>seq2.L
xxxxxxxxx

对于TCR序列，每个TCR的alpha、beta链为一组，相邻放置即可（先后顺序没有要求），示例如下

>seq1.A
xxxxxxx
>seq1.B
xxxxxxx
>seq2.A
xxxxxxx
>seq2.B
xxxxxxx

对于纳米抗体没有特殊要求。

Type

预测蛋白结构类型：Antibody、Nanobody以及TCR。

Numbering Scheme

抗体编号类型，支持kabat、chothia、imgt、raw。
注意：raw 并不是一种特定的抗体编号规则。选择 raw 时，输出的 PDB 文件将按照结构中残基在原始文件中的位置顺序进行编号，而不会应用任何其他抗体编号体系或重编号规则。

Output File

输出文件名称，默认结构名称为model.pdb。

结果说明

输出结果为预测的免疫蛋白pdb结构，默认名称为model.pdb。
可以进行批量生成结构文件，所有文件在model.tar压缩文件中。

参考文献

• Abanades, B., Wong, W.K., Boyles, F. et al. ImmuneBuilder: Deep-Learning models for predicting the structures of immune proteins. Commun Biol 6, 575 (2023).DOI:10.1038/s42003-023-04927-7